De capsomeer is een subeenheid van het capsid, een buitenste eiwitlaag die het genetisch materiaal van een virus beschermt. Capsomeren assembleren zichzelf tot het capsid.
In dit diagram van een Adenovirus zijn de capsidmoleculen duidelijk zichtbaar.
Subunits, protomeren genaamd, aggregeren tot capsomeren. De capsomeren zijn op verschillende manieren gerangschikt: 1) Icosahedraal, 2) Spiraalvormig, en 3) Complex.
1) Icosahedraal- Een icosahedron is een veelvlak met 12 hoekpunten en 20 zijvlakken. De icosaëder bestaat uit twee soorten capsomeren: vijfhoekige (pentons) op de hoekpunten en zeshoekige (hexons) op de zijvlakken. Er zijn altijd twaalf vijfhoeken, maar het aantal zeshoeken varieert per virusgroep. In elektronenmicrofoto’s zijn capsomeren te herkennen als regelmatig uit elkaar staande ringen met een centraal gat.
2) Spiraalvormig- De protomeren zijn niet gegroepeerd in capsomeren, maar zijn zodanig aan elkaar gebonden dat ze een lintvormige structuur vormen. Deze structuur vouwt zich tot een helix omdat de protomeren aan het ene uiteinde dikker zijn dan aan het andere uiteinde. De diameter van de spiraalvormige kapside wordt bepaald door kenmerken van de protomeren, terwijl de lengte wordt bepaald door de lengte van het nucleïnezuur dat hij omsluit.
3) Complex- b.v. dat wat poxvirus en rhabdovirus vertonen. Wanneer het virale deeltje een gastheercel is binnengedrongen, verteren de gastheercelenzymen het capside en de samenstellende capsomeren, waardoor het naakte genetische materiaal (DNA/RNA) van het virus wordt blootgelegd, dat vervolgens de replicatiecyclus ingaat.
De capsomeren beschermen tegen fysische, chemische en enzymatische schade en zijn meervoudig redundant; ze hebben een paar eiwitsubunits die worden herhaald. Dit komt doordat het virale genoom zo zuinig mogelijk is door maar een paar eiwitcodons nodig te hebben om een grote structuur te maken. Een van de belangrijkste functies van een capside is om het ingesloten virale genoom in gastheercellen te introduceren door het gemakkelijk te adsorberen aan gastheerceloppervlakken.