Cardinal Mooney werd in 1956 opgericht en staat onder leiding van het rooms-katholieke bisdom van Youngstown. In het begin van de jaren vijftig zag het bisdom Youngstown de noodzaak in van uitbreiding van de Ursuline High School en van de bouw van een nieuwe parochiale middelbare school aan de zuidkant. In 1953 verkreeg bisschop Emmet M. Walsh het huidige terrein van de Cardinal Mooney High School van de Youngstown Parks Department en begon met de organisatie van een commissie voor de fondsenwerving voor de middelbare school.
In 1954 werd de eerste steen gelegd en in de herfst van 1955 werd de eerste eerste klas georganiseerd die lessen begon te volgen in het oude Glenmary klooster. De bouw van Cardinal Mooney was op tijd klaar voor de eerste schooldag in september 1956. In totaal 610 studenten werden ingeschreven als eerstejaars of tweedejaars. De school werd genoemd naar kardinaal Edward Mooney, een voormalige zuiderling, die aartsbisschop van Detroit was. Hij had zich onderscheiden als geleerde en diplomaat van het Vaticaan.
Pater William Anthony Hughes, later bisschop van Covington, Kentucky, werd benoemd tot de eerste directeur van de school. Rood en goud werden gekozen als de kleuren van de school. Zij symboliseren het bloed van de martelaren en de verantwoordelijkheid van alle christenen om het lijden en het Heilig Sacrament te aanvaarden.
De eerste faculteit bestond uit zusters van de Ursulinen-, Dominicanessen-, Notre Dame- en Vincentiaanse gemeenschappen, twee priesters en vijf lekenleraren.
In juni 1959 vierde de eerste eindexamenklas de baccalaureaatmis in de St. Columba Kathedraal, en op 7 juni werden de diploma-uitreikingen gehouden in het Stambaugh Auditorium.
Het aantal inschrijvingen groeide snel in het begin van de jaren ’60. In 1960 werd een uitbreiding van Cardinal Mooney gepland en een overvloed aan studenten volgde opnieuw lessen in het oude Glenmary Convent. De uitbreiding werd in 1961 geopend. Het omvatte een auditorium, zeven klaslokalen en een natuurkundig laboratorium.
In het begin van het jaar 2000 kwam Cardinal Mooney in het bezit van de twee militaire bijgebouwen die aan het schoolterrein grenzen. Kort na het verkrijgen van dit onroerend goed werd begonnen met de bouw van het nieuwe sportcomplex van de middelbare school. Voltooid eind 2001, levert het Cardinal Mooney sportcomplex een goed afgeronde atletische trainingsfaciliteit op waar officiële OHSAA atletische wedstrijden kunnen worden gehouden. Het complex omvat een regulier voetbalveld, twee aangrenzende oefenvelden, twee tennisbanen, een oefen putting green, een oefen voetbalveld, twee oefen honkbalvelden, een kleine slagkooi, een trainingszwembad, en een volledige, met rubber beklede baan die het hoofdvoetbalveld omringt. De bijgebouwen van het U.S. Army en de U.S. Navy bleven staan tijdens de bouw, maar Rush Boulevard werd opgevuld met bovengrond en afgesneden van het achterterrein. De gebouwen, nu aangeduid als het Cardinal Mooney Industrial Arts Center, zijn sindsdien omgebouwd tot garages waar winkelklassen aan voertuigen kunnen werken en rijlessen kunnen worden gegeven tijdens de zomervakanties.
2013 verhuizingEdit
Op 3 september 2013 keurde bisschop van het rooms-katholieke bisdom Youngstown, George Murry, de verhuizing van de middelbare school goed van Youngstown’s zuidkant naar de buitenwijken van Mahoning County. Aan zijn goedkeuring waren echter voorwaarden verbonden, waaronder het bewijs van voldoende financiële steun voor zowel een nieuw gebouw voor de middelbare school als een dotatiefonds om beurzen te verstrekken voor leerlingen die te maken hebben met armoede en andere sociale beperkingen.
Een studie uitgebracht in april 2013 (uitgevoerd door Catholic School Management, Inc. in Madison, Connecticut) bepaalde dat de school een betere inschrijving en voor een langere periode zou volhouden als het zou verhuizen.
Bisschop Murry was oorspronkelijk tegen de verhuizing en verklaarde dat een grote factor in deze beslissing was dat het goedkoper zou zijn om renovaties uit te voeren dan om een nieuw gebouw te bouwen. Bovendien, zei hij in zijn verklaring, is het belangrijk voor het bisdom om goede rentmeesters te zijn van hun financiën. De diocesane superintendent van katholieke scholen sloot zich aan bij het oorspronkelijke standpunt van Murry en erkende dat er plannen kunnen worden uitgevoerd voor de toekomst van de school op de huidige locatie. Het onderwerp is er een van controverse onder ouders en alumni sinds de discussie over de verhuizing in 2013 begon.
Voor het schooljaar 2015 begonnen de renovaties op de huidige locatie, waardoor verhuizing onwaarschijnlijk werd. De school staat sinds 1956 op de huidige locatie aan Erie Street.