NBA Development LeagueEdit
Hondanks het behalen van de MVP eer op het Portsmouth pre-draft kamp, werd Hayes niet geselecteerd in de 2005 NBA draft maar werd hij getekend door de Houston Rockets voorafgaand aan het 2005-06 seizoen. Hayes speelde in verschillende voorseizoenwedstrijden voor hij uit de selectie werd gehaald. Hayes werd vervolgens als zesde geselecteerd in de 2005 NBA Development League Draft door de Albuquerque Thunderbirds. Hayes leidde de NBA D-League in rebounding met 12,2 per wedstrijd in zijn ambtstermijn bij de Thunderbirds.
NBAEdit
Houston Rockets (2006-2011)Edit
Door een golf van blessures op het rooster van Houston, werd Hayes op 18 januari 2006 getekend voor een 10-dagen contract. In zijn tweede wedstrijd in een Rockets-uniform, Hayes noteerde een double-double, het verzamelen van 12 punten en 13 rebounds in een 109-108 double-overtime overwinning op de Chicago Bulls op 20 januari. Op 28 januari kondigden de Rockets aan dat ze Hayes voor de rest van het seizoen zouden contracteren. Hayes verdiende een totaal van $231.390 voor het seizoen tussen het 10-dagen contract en het contract voor de rest van het jaar. Hij kreeg later gezelschap van voormalig Kentucky-teamgenoot Keith Bogans, die op 9 februari door de Charlotte Bobcats werd geruild voor Lonny Baxter. Door het vertrek van Baxter kwam er ruimte in de depth chart voor Hayes. Hayes kreeg ook tijdelijk gezelschap van een andere Kentucky-teamgenoot, Gerald Fitch, die op 23 februari naar de Rockets werd verhandeld, maar op 7 maart 2006 naar de D-League werd overgeplaatst.
Hayes was in zijn eerste seizoen rustig productief voor de Rockets. Hij verscheen in alle 40 wedstrijden nadat hij bij het team kwam en gemiddeld 13,4 minuten per wedstrijd speelde. Hayes was een van de meest efficiënte verdedigende spelers in de competitie, met een 3e plaats onder rookies in rebounds per 48 minuten (16.1) en een 14e plaats in steals per 48 minuten (2.33). Hij had ook een FG% van 52.6%, goed voor het 11de hoogste in de competitie onder spelers met minstens 100 geplaatste doelpogingen. Op 13 juni 2006 besloten de Rockets om het optiejaar op zijn contract (dat $664.209 waard was) te lichten, waardoor zijn verblijf bij de Rockets tot het seizoen 2006-07 werd verlengd. Zijn eerste officiële NBA start vond plaats op 4 november 2006, tegen de Dallas Mavericks. Fouling out na 17 minuten, scoorde hij 2 punten, en had 3 rebounds en 2 steals.
Als starter in de meeste wedstrijden van de Rockets in het seizoen 2006-07, was Hayes een belangrijke bijdrager. De omvang van zijn rol in het team was beperkt tot rebounding, verdediging, en fungeren als afleiding of schermen in de aanval. De bal was zelden in zijn handen bij het aanvallen. Desondanks kreeg hij lof van zijn coaches en stond hij op de ranglijst van verschillende statistieken in de NBA. Hij eindigde zijn tweede seizoen in de NBA op de 12e plaats in rebounds per minuut en op de 34e plaats in rebounds per wedstrijd.
Verschillende factoren belemmerden Hayes’ prestaties tijdens het seizoen. Hij verrekte zijn linkerknie en stond twee weken aan de kant. Zijn uithoudingsvermogen en duurzaamheid gedurende een seizoen van 82 wedstrijden was ook een probleem; Hayes’ speelstijl was fysiek veeleisender dan de meeste. Tenslotte is Hayes berucht om zijn overtredingen. Hij eindigde zijn tweede seizoen met de op twee na meeste overtredingen per wedstrijd en de op zeven na meeste overtredingen per minuut in de NBA.
Hoewel Hayes niet tot de topspelers van de competitie behoorde, tekende hij in 2006 een schoenencontract met het Chinese atletische kledingbedrijf Li Ning. De deal werd geschat op 5 miljoen dollar. Op 31 juli 2007 tekende Hayes een contract met de Houston Rockets ter waarde van 8 miljoen dollar over vier jaar. In 2009 werd Hayes benoemd tot co-captain samen met Shane Battier voor de 2009-10 Houston Rockets.
Van 2003 tot 2009 had Hayes de op een na hoogste defensieve aangepaste plus-minus van alle NBA-spelers. Tot en met 25 december 2009 had Hayes de vijfde hoogste algemene aangepaste plus-minus voor het NBA-seizoen 2009-10.
Tijdens het seizoen 2009-10 moest Hayes zijn minuten loggen als de startende center, ter vervanging van de geblesseerde Yao Ming, die het hele seizoen miste, na het lijden van een haarlijnbreuk in zijn linkervoet.
Op 23 maart 2011 had Hayes zijn eerste carrière triple-double, met 13 punten, 14 rebounds en 11 assists in een 131-112 thuisoverwinning op de Golden State Warriors.
Sacramento Kings (2011-2013)Edit
Op 9 december 2011 tekende Hayes een vierjarig contract van $ 21,3 miljoen bij de Sacramento Kings. Echter, de Kings vernietigden het contract op 19 december nadat zijn lichamelijk onderzoek een hartafwijking in een echo-test liet zien, en het team voerde aanvullende tests uit. Hayes ging vervolgens naar de Cleveland Clinic voor uitgebreide tests van zijn hart, en gaf op 22 december een verklaring uit dat cardiologen van het ziekenhuis hem hadden vrijgegeven om te spelen.
Op 22 december 2011 kwamen Hayes en de Sacramento Kings een vierjarige, 22,4 miljoen dollar overeenkomst overeen.
Toronto Raptors (2013-2015)Edit
Op 9 december 2013 verhandelden de Kings Hayes, samen met Greivis Vásquez, Patrick Patterson, en John Salmons aan de Toronto Raptors voor Rudy Gay, Quincy Acy, en Aaron Gray.
Op 31 augustus 2015 tekende Hayes bij de Los Angeles Clippers. Hij werd echter later afgezien door de Clippers op 24 oktober na het verschijnen in vier voorseizoen wedstrijden.
Terugkeer naar Houston (2015)Edit
Op 1 november 2015 tekende Hayes bij de Houston Rockets, terugkerend naar de franchise voor een tweede stint. Een week later werd hij afgezwaaid door de Rockets na het verschijnen in twee wedstrijden.