| Citraat (Si)-synthase | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | ||||||
| EC no. | 2.3.3.1 | |||||
| CAS no. | 9027-96-7 | |||||
| Databases | ||||||
| IntEnz | IntEnz view | |||||
| BRENDA | BRENDA invoer | |||||
| ExPASy | NiceZyme weergave | |||||
| KEGG | KEGG item | |||||
| MetaCyc | metabolic pathway | |||||
| PRIAM | profile | |||||
| PDB structuren | RCSB PDB PDBe PDBsum | |||||
| Gene Ontologie | AmiGO / QuickGO | |||||
| Search | PMC | PubMed | NCBI | |||
MechanismEdit
Citraat synthase heeft drie sleutelaminozuren in zijn actieve site (bekend als de katalytische triade) die de omzetting katalyseren van acetyl-CoA en oxaloacetaat in citraat en H-SCoA in een aldolcondensatiereactie. Deze omzetting begint met het negatief geladen carboxylaatzuurstofatoom van de zijketen van Asp-375 dat het alfacoolatoom van acetyl-CoA deprotoneert om een enolaatanion te vormen dat op zijn beurt wordt geneutraliseerd door protonering door His-274 om een enoltussenproduct te vormen. Op dit punt onttrekt het epsilon-stikstof elektronenpaar op His-274, gevormd in de laatste stap, het hydroxylproton van het enolaat om een enolaatanion te vormen dat een nucleofiele aanval initieert op de oxaloacetaatkoolstof, die op zijn beurt het epsilon-stikstofatoom van His-320 deprotoneert. Deze nucleofiele additie resulteert in de vorming van citroyl-CoA. Op dit punt wordt een watermolecuul gedeprotoneerd door het epsilon-stikstofatoom van His-320 en wordt de hydrolyse in gang gezet. Een van de lone paren van de zuurstof valt nucleofiel de carbonylkoolstof van citroyl-CoA aan. Dit vormt een tetrahedraal intermediair en resulteert in het uitwerpen van -SCoA als het carbonyl hervormt. Het -SCoA wordt geprotoneerd om HSCoA te vormen. Tenslotte wordt de hydroxyl die in de vorige stap aan de carbonyl is toegevoegd, gedeprotoneerd en wordt citraat gevormd.
RemmingEdit
Het enzym wordt geremd door hoge verhoudingen ATP:ADP en NADH:NAD, aangezien hoge concentraties ATP en NADH aangeven dat de energievoorziening van de cel hoog is. De reactie wordt ook geremd door succinyl-CoA en propionyl-CoA, dat lijkt op acetyl-CoA en werkt als een concurrerende remmer van acetyl-CoA en een niet-concurrerende remmer van oxaloacetaat. Citraat remt de reactie en is een voorbeeld van productremming.De remming van citraatsynthase door acetyl-CoA-analogen is ook goed gedocumenteerd en is gebruikt om het bestaan van één enkele actieve plaats aan te tonen. Uit deze experimenten is gebleken dat deze enkele site afwisselend twee vormen aanneemt, die respectievelijk deelnemen aan ligase- en hydrolase-activiteit. Dit eiwit maakt wellicht gebruik van het morpheeïnemodel van allosterische regulatie.