Blakeman studeerde van 1984 tot 1987 aan de University of Nebraska en diende vooral als reserve quarterback voor de Nebraska Cornhuskers, waaronder de seizoenen 1986 en 1987 achter starter Steve Taylor.
Tijdens de wedstrijd van Nebraska tegen de niet-beursgenoteerde Colorado Buffaloes op 25 oktober 1986 verving hoofdcoach Tom Osborne Taylor door Blakeman in het vierde kwart. Colorado beperkte Blakeman nog steeds tot 4 van de 6 completions voor 37 yards, en hield stand om de Huskers te verslaan, 20-10, hun eerste overwinning op Nebraska sinds 1967 en de Buffaloes’ eerste overwinning op Nebraska thuis sinds 1960.
Blakeman speelde in de 1987 Sugar Bowl, een 30-15 overwinning op Southeastern Conference kampioen LSU.
Op 3 oktober 1987 leidde South Carolina met 21-13 voor Nebraska, toen Taylor het spel verliet na een schouderblessure in de laatste play van het derde kwart. In aflossing, Blakeman voltooide zijn enige pass voor 8 yards. Maar geholpen door een sterke running game, en Nebraska’s Blackshirts verdediging die twee turnovers afdwong en slechts 9 yards toestond in het 4e kwart, verzamelden de Huskers zich rond Blakeman en scoorden 17 onbeantwoorde punten om te winnen, 30-21.
Blakeman startte ook twee wedstrijden in plaats van een geblesseerde Taylor, die beide overwinningen waren op de Kansas Jayhawks. Op 15 november 1986 gooide hij drie touchdown passes en liep er nog een in toen hij Nebraska naar een 70-0 nederlaag leidde, de ergste nederlaag in de geschiedenis van de Jayhawks en de grootste shutout van Nebraska tot dan toe. En op 10 oktober 1987, voltooide Blakeman 10-of-12 passes voor 100 yards en een touchdown in Nebraska’s 54-2 overwinning op Kansas.