Deze groep metallopeptidasen vormt de MEROPS peptidasefamilie M9, subfamilies M9A en M9B (microbieel collagenase, clan MA(E)). De eiwitvouwing van het peptidasedomein voor leden van deze familie lijkt op die van thermolysine, het typevoorbeeld voor clan MA en de voorspelde actieve site-residuen voor leden van deze familie en thermolysine komen voor in het motief HEXXH.
Microbiële collagenasen zijn geïdentificeerd bij bacteriën van zowel de Vibrio als de Clostridium geslachten. Collagenase wordt tijdens een bacteriële aanval gebruikt om de collageenbarrière van de gastheer tijdens de invasie af te breken. Vibrio-bacteriën worden soms in ziekenhuizen gebruikt om dood weefsel te verwijderen uit brandwonden en zweren. Clostridium histolyticum is een ziekteverwekker die gasgangreen veroorzaakt; niettemin is het geïsoleerde collagenase gebruikt om doorligwonden te behandelen. Collageensplitsing vindt plaats bij een Xaa+Got binding in Vibrio bacteriën en bij een Yaa+Gly binding in Clostridium collagenases.
Analyse van de primaire structuur van het genproduct van Clostridium perfringens heeft aan het licht gebracht dat het enzym wordt geproduceerd met een strook van 86 residuen die een vermeende signaalsequentie bevat. Binnen dit gedeelte bevindt zich PLGP, een aminozuursequentie die typerend is voor collagenasesubstraten. Deze sequentie kan dus een rol spelen bij de zelfverwerking van het collagenase.
Metalloproteasen zijn de meest diverse van de zeven hoofdtypen proteasen, met tot op heden meer dan 50 geïdentificeerde families. In deze enzymen activeert een tweewaardig kation, meestal zink, de watermolecule. Het metaalion wordt op zijn plaats gehouden door aminozuurliganden, meestal drie in getal. De bekende metaalliganden zijn His, Glu, Asp, of Lys en ten minste één ander residu is vereist voor de katalyse, dat een elektrophillische rol kan spelen. Van de bekende metalloproteasen bevat ongeveer de helft een HEXXH-motief, waarvan in kristallografische studies is aangetoond dat het deel uitmaakt van de metaalbindingsplaats. Het HEXXH-motief komt betrekkelijk vaak voor, maar kan voor metalloproteasen nauwkeuriger worden gedefinieerd als “abXHEbbHbc”, waarbij “a” meestal valine of threonine is en deel uitmaakt van de S1″-sublocatie in thermolysine en neprilysine, “b” een ongeladen residu is, en “c” een hydrofoob residu. Proline wordt nooit op deze plaats aangetroffen, mogelijk omdat het de spiraalvormige structuur zou doorbreken die dit motief in metalloproteasen aanneemt.