Als gevolg van deze overwinning versloeg Sparta de Atheners en probeerde zo haar eigen rijk in de Egeïsche Zee uit te hakken. Haar relatie met Perzië verslechterde en zij begon de satrapieën van Pharnabazus en Tissaphernes in Anatolië te overvallen. In 397 v. Chr. had Pharnabazus de Perzische koning Artaxerxes overgehaald de oorlog over zee voort te zetten, en hij liet een vloot van 300 Phoenicische en Cypriotische schepen oprukken. In aantallen waren zij overweldigend, maar zij hadden een ervaren bevelhebber nodig, en zo vonden zij Conon op Cyprus, die maar al te blij was met een kans om wraak te nemen op de Peloponnesiërs.
Eerst trok Conon met een klein deel van de vloot op naar Carië, waar hij een tijdlang werd geblokkeerd, maar toen werd gered door Pharnabazus en Tissaphernes. Vervolgens trok hij naar Rhodos, waar de pro-Spartaanse oligarchie was vervangen door een democratie, en slaagde erin voedselvoorraden buit te maken die vanuit Egypte werden aangevoerd. Als reactie hierop besloten de Spartanen hun zeemacht uit te zenden, maar maakten de vergissing deze toe te vertrouwen aan Peisander, die geen ervaring had. De slag vond plaats bij Cnidus in 394 v. Chr. en was een gemakkelijk en overweldigend Perzisch succes. De Egeïsche steden verdreven de Spartaanse garnizoenen en aanvaardden de Perzische heerschappij.
Na dit succes achtte Conon het veilig voor hem om naar Athene terug te keren. Pharnabazus stond hem toe een deel van de vloot te behouden en verstrekte geld voor de versterking van Piraeus en de herbouw van de lange muren die het met Athene verbonden. Deze acties betekenden dat enkele van de belangrijkste resultaten van de Peloponnesische Oorlog ongedaan werden gemaakt – Athene herwon haar positie als een belangrijke macht in Griekenland, en hoewel ze nog steeds haar rijk had verloren, was Sparta verhinderd het over te nemen.
Het volgende jaar waren de Spartanen onderhandelingen begonnen met de Perzen, en om hun positie in Griekenland veilig te stellen boden ze aan om alle steden in Anatolië aan hen over te dragen. De Atheners stuurden afgevaardigden (waaronder Conon) om aan te kondigen dat dit onaanvaardbaar was, hetgeen Tiribazus opvatte als een teken dat zij nog steeds hoopten hun rijk terug te krijgen en, verontwaardigd over deze ommezwaai, gooide hij hen in de gevangenis, waaronder Conon. Oude schrijvers geven tegenstrijdige verslagen over zijn einde: sommigen beweren dat hij naar de binnenlanden van Azië werd gestuurd en daar ter dood werd gebracht; andere verslagen, waarschijnlijk waarschijnlijker, melden dat hij zich op Cyprus terugtrok en daar stierf. Zijn zoon Timotheus werd later een andere vooraanstaande generaal.