De kernwaarden die door de Cooperative Baptist Fellowship worden gehandhaafd, beginnen met vier punten die de CBF beschouwt als baptistische beginselen van geloof en praktijk.
- De vrijheid van de ziel is het vermogen van alle mensen om rechtstreeks met God in verbinding te staan. Het geloof in het priesterschap van alle gelovigen is een belangrijke basis voor dit principe.
- Bijbelvrijheid is het principe van het erkennen van het gezag van de Schrift en het recht van iedere christen om deze te interpreteren zoals de Heilige Geest het leidt.
- Kerkvrijheid is het idee dat iedere plaatselijke kerk autonoom is en bevoegd is om haar eigen leiders te kiezen en haar eigen zaken te leiden.
- Godsdienstvrijheid is het principe van scheiding van kerk en staat. De CBF steunt dit principe door aansluiting bij het Baptist Joint Committee for Religious Liberty.
De CBF bevestigt dat de Bijbel leert dat er één ware God is die alle mensen geschapen heeft. Door de zonde is de mensheid van God gescheiden, maar kan gered en verlost worden door Jezus Christus. De Heilige Geest overtuigt en bekeert hen die in Christus geloven en geeft de Kerk de kracht om haar missie te vervullen. CBF-leden zijn het erover eens dat iedere christen en iedere kerk geroepen is om de Grote Opdracht te vervullen, het evangelie van Jezus Christus te delen, en de geestelijke, lichamelijke en sociale noden van mensen en gemeenschappen te bedienen.
De bevestiging van vrouwen in de bediening was een van de grondbeginselen van de Fellowship. De meeste CBF-leden zijn het erover eens dat zowel mannen als vrouwen tot predikant of diaken kunnen worden gewijd en als voorganger van een kerk kunnen dienen. Over sociale kwesties neemt de CBF geen standpunten in. CBF-leden zijn het erover eens dat, aangezien het een gemeenschap van autonome kerken is, het afgeven van verklaringen buiten haar doel zou liggen. De CBF heeft echter wel een organisatiebeleid inzake homoseksueel gedrag. Het beleid van de CBF is echter niet bindend voor individuele gemeenten, die hun eigen beslissingen nemen over welk onderwerp dan ook; evenmin kan een gemeente worden uitgesloten van de CBF omdat zij het niet eens is met kernwaarden of beleid. Calvary Baptist Church in Lexington, KY, een vooraanstaande lid-gemeente van de CBF, staat bijvoorbeeld toe dat homoseksuelen een leidende rol vervullen, waaronder die van diaken, en Calvary Baptist Church in DC, een andere lid-gemeente, voltrekt huwelijken tussen mensen van hetzelfde geslacht. Bovendien was de CBF medesponsor van een conferentie over seksualiteit en startte het “Verlichtingsproject”, goedgekeurd door de Raad van Bestuur (voorheen de Coördinatieraad), om modellen te ontwikkelen voor de gemeenschap van de CBF om meningsverschillen te ventileren, niet alleen over het aanstellingsverbod, maar ook over andere hete hangijzers die kerken, kerkgenootschappen en de samenleving verdelen.