Brothers heeft voorgesteld dat de amygdala een belangrijke component is van het neurale netwerk dat ten grondslag ligt aan sociale cognitie. En Bauman en Kemper hebben tekenen van neuropathologie waargenomen in de amygdala van de post-mortem autistische hersenen. Deze bevindingen, in aanvulling op recente functionele neuroimaging gegevens, hebben Baron-Cohen en collega’s ertoe gebracht voor te stellen dat disfunctie van de amygdala, gedeeltelijk, verantwoordelijk zou kunnen zijn voor de belemmering van het sociaal functioneren die een kenmerk is van autisme. Recente gegevens van studies in ons laboratorium over de effecten van amygdala laesies in de makaakaap zijn in tegenspraak met een fundamentele rol voor de amygdala in sociaal gedrag. Als de amygdala niet essentieel is voor normaal sociaal gedrag, zoals het geval lijkt te zijn bij zowel niet-menselijke primaten als geselecteerde patiënten met bilaterale amygdala beschadiging, dan is het onwaarschijnlijk dat de amygdala het substraat is voor het abnormale sociale gedrag van autisme. Beschadiging van de amygdala heeft echter wel een effect op de reactie van een aap op normaal angst inducerende stimuli, zoals slangen, en verwijdert een natuurlijke terughoudendheid om nieuwe soortgenoten te betrekken in sociale interacties. Deze bevindingen leiden tot de conclusie dat de amygdala een belangrijke rol speelt bij het detecteren van bedreigingen en het mobiliseren van een passende gedragsrespons, waarvan angst een onderdeel is. Als de amygdala pathologisch is bij personen met autisme, kan het bijdragen aan hun abnormale angsten en verhoogde angst in plaats van hun abnormaal sociaal gedrag.