College footballEdit
Pees begon zijn college coaching carrière in 1979 aan de University of Findlay als hun defensief coördinator en secundair coach na zes jaar als een high school coach. In 1983 verhuisde Pees naar Miami University, waar hij ook de defensieve coördinator en secundaire coach van het team was. Van 1987 tot 1989 was Pees de tweede coach aan de United States Naval Academy. Pees nam daarna de job van defensief coördinator, onder Nick Saban, aan de Universiteit van Toledo, die hij vier seizoenen bij de ploeg vervulde. Hij bracht het seizoen 1994 door onder hoofdcoach Lou Holtz als de secundaire coach van de Universiteit van Notre Dame. Van 1995 tot 1997 werkte Pees als defensief coördinator en inside linebackers coach opnieuw onder Saban bij Michigan State University. In 1998 kreeg hij zijn eerste baan als hoofdcoach aan de Kent State University. Pees verliet het programma na het seizoen 2003 met een zes-jarig record van 17-51.
NFLEdit
New England PatriotsEdit
Vóór het NFL-seizoen 2004 verliet Pees Kent State voor de Patriots, waar hij twee jaar als linebackers-coach van de Patriots werkte onder hoofdcoach Bill Belichick, een andere medewerker van Saban. Pees had gecoacht naast Bill’s vader, Steve Belichick, bij Navy in de late jaren 1980. Na het seizoen 2005 werd Pees gepromoveerd tot defensief coördinator, ter vervanging van Eric Mangini, die hoofdcoach werd van de New York Jets. Met zijn contract dat zou aflopen na het seizoen 2009, koos Pees ervoor om niet terug te keren naar de Patriots op 14 januari 2010.
Baltimore RavensEdit
Op 26 januari 2010 werd Pees aangenomen als de linebackers coach voor de Baltimore Ravens. Op 27 januari 2012 werd Pees door hoofdcoach John Harbaugh gepromoveerd tot defensief coördinator. Pees maakte deel uit van de coachingstaf die Super Bowl XLVII won. Pees kondigde op 1 januari 2018 zijn pensionering aan.
Tennessee TitansEdit
Op 29 januari 2018 werd Pees aangenomen als defensief coördinator voor de Tennessee Titans onder hoofdcoach Mike Vrabel. Op 20 januari 2020 kondigde Pees voor de tweede keer zijn pensionering uit het football aan.
Atlanta FalconsEdit
Op 21 januari 2021 werd Pees door de Atlanta Falcons ingehuurd als hun defensieve coördinator onder hoofdcoach Arthur Smith.