De kaaimanhagedis is ongeveer hetzelfde gebouwd als zijn neef de tegu, met een groot zwaargebouwd lichaam en korte maar krachtige ledematen. Zijn kop is volumineus en heeft vaak een rode of oranje kleur. Zijn kaken zijn zwaar gespierd om te helpen bij het eten van zijn normale prooi van slakken, langoesten en zoetwater mosselen. Hij heeft ook een paar aanpassingen die hem helpen in zijn waterige omgeving. Hij heeft een lange, zijdelings afgeplatte staart, vergelijkbaar met zijn naamgenoot, de yacare kaaiman. De lange staart helpt de kaaimanhagedis om succesvol te zwemmen en te duiken. Hij heeft ook een helder derde ooglid, waarvan men denkt dat het onder water als een bril werkt.
De kleur van de noordelijke kaaimanhagedis (Dracaena guianensis) lijkt sterk op die van een krokodil. Hij is typisch heldergroen met een lichte donkergroene band. De Paraguayaanse kaaimanhagedissen (Dracaena paraguayensis) zijn over het algemeen veel grauwer, met grijze lichamen en koppen. Langs het dorsale deel van de rug zitten taaie opstaande scutes. Deze geven de kaaimanhagedis een krokodilachtig uiterlijk, en helpen hem enige bescherming te bieden tegen roofdieren. Deze hagedissen kunnen tot 1,2 m lang worden en tot 4,5 kg wegen.