De baarmoederhals fungeert in de eerste plaats als een fysieke barrière tussen de externe omgeving (vaginaal kanaal) en de baarmoeder. De cellen die het endocervicale kanaal bekleden produceren zowel zuur als neutraal slijm, dat elektrolyten (meestal natriumchloride) en eenvoudige suikers (glycogeen) in colloïdale oplossing bevat. Dit slijm vormt een prop in het os, die de doorgang van vreemde ziekteverwekkers/voorwerpen van het vaginale gewelf naar de baarmoeder blokkeert. Immunoglobulinen, enzymen, leukocyten en geëxfolieerde plaveiselepitheelcellen kunnen ook in dit slijm opgesloten zitten, waardoor de plug verder wordt versterkt en bacteriedodende eigenschappen aan het slijm worden toegevoegd.
De slijmprop is niet permanent en hormonen bepalen de consistentie ervan. Op het moment van de ovulatie wordt het slijm veel dunner en bestaat het uit een fijn acellulair netwerk van filamenten, dat de passage van sperma vanuit de vagina naar de baarmoeder en uiteindelijk naar de eileiders vergemakkelijkt, waar bevruchting kan plaatsvinden. Tijdens de zwangerschap wordt de slijmprop dik en beschermt hij de zich ontwikkelende foetus door het endocervicale kanaal opnieuw af te sluiten.
De baarmoederhals en de baarmoeder zijn buigzame structuren, die naast spieren ook elastische vezels bevatten. Dit komt het duidelijkst tot uiting tijdens de bevalling, wanneer de baarmoederhals zich moet verwijden tot een diameter van ongeveer tien centimeter om de foetus in het vaginale kanaal te laten passeren.
Als er geen bevruchting plaatsvindt, verwijdt het myometrium van de baarmoederhals zich om de passage van de menstruatie (afgebroken slijmvlies van het endometrium) mogelijk te maken. Deze verwijding veroorzaakt een gevoel van pijn en ongemak dat gewoonlijk wordt aangeduid als “menstruatiepijn”. Deze fysiologische kenmerken van de baarmoederhals worden allemaal gecontroleerd door de hormonen oestrogeen en progesteron.
Er zijn twee soorten epitheel die de baarmoederhals bekleden: gelaagd plaveiselepitheel op de ectocervix en eenvoudig zuilvormig (klier)epitheel op de endocervix en crypten.
