Giovanni Alfonso Borelli, oorspronkelijke naam Giovanni Francesco Antonio Alonso, (geb. 28 jan. 1608, Napels, Koninkrijk Napels -dood 31 dec. 31 Dec. 1679, Rome), Italiaans fysioloog en natuurkundige die als eerste de spierbeweging en andere lichaamsfuncties verklaarde volgens de wetten van de statica en de dynamica.
Hij werd in 1649 benoemd tot hoogleraar in de wiskunde te Messina en in 1656 tot hoogleraar in Pisa. In 1667 keerde hij terug naar Messina en in 1674 ging hij naar Rome, waar hij leefde onder de bescherming van Christina, de voormalige koningin van Zweden. Zijn bekendste werk is De Motu Animalium (1680-81; “Over de bewegingen van dieren”), waarin hij de bewegingen van het dierlijk lichaam op mechanische principes trachtte te verklaren; hij geldt daarmee als de grondlegger van de iatrofysische school.
Borelli schreef ook veel astronomische werken, waaronder een verhandeling in 1666 over de invloed van aantrekkingskracht op de satellieten van Jupiter. In een brief die in 1665 onder het pseudoniem Pier Maria Mutoli werd gepubliceerd, opperde hij als eerste het idee dat kometen een parabolische baan volgen.