Politieke herstructurering
Een groot probleem voor Gorbatsjov was dat er aan de top geen overeenstemming was over wat perestrojka, glasnost, en democratisering moesten bewerkstelligen. De radicale hervormers, Gorbatsjov, Jakovlev en Sjevardnadze, werden in de luren gelegd door de gematigde hervormers, Ligachev, Ryzhkov en anderen. Het probleem werd nog verergerd door een schijnbaar gebrek aan helderheid in Gorbatsjovs eigen denken. Hij was nooit in staat een samenhangend doel en de middelen om dat te bereiken te formuleren. Zijn frustraties over het partijapparaat brachten hem ertoe een zeer radicale oplossing te formuleren-het partijapparaat te ontmannen. Hij wilde het uitsluiten van zijn dagelijkse bemoeienis met het beheer van de economie en een einde maken aan zijn dominantie in de staatswetgeverij en partijzaken. Het secretariaat was het brein van de partij geweest, en alle belangrijke besluiten waren daar genomen. Gorbatsjov wilde een einde maken aan de overheersing van de partijambtenaren over de sowjets. Hij bereikte dit opmerkelijke succes op het 19e Partijcongres in juni 1988. De partij verloor daarmee haar dominante rol in het centrum van het politieke proces, maar wreekte zich op Gorbatsjov door haar macht in de periferie te consolideren, waar de zwakke sovjets geen partij voor haar waren. Er was dus een centrifugale stroom van macht van het centrum naar de periferie. Dit proces was al aan de gang sinds de dood van Stalin, en de afzetting van Chroesjtsjov had de invloed van lokale partijfunctionarissen onderstreept. Het Brezjnev-tijdperk droeg verder bij aan de stroom van macht naar de periferie.
De verkiezingen voor het congres van volksafgevaardigden van de U.S.S.R., dat de U.S.S.R. Opperste Sovjet verving als het hoogste orgaan van de staatsmacht, vonden plaats in maart 1989. Ongeveer 88% van de afgevaardigden waren communisten, maar de Communistische Partij was inmiddels niet langer een monolithische partij. Het congres koos uit zijn leden een tweekamerwetgevende macht (de Opperste Sovjet genoemd), waarbij elk huis 271 leden telde. Gorbatsjov zat de werkzaamheden voor. Boris Jeltsin werd lid van de Opperste Sovjet nadat een andere plaatsvervanger ten gunste van hem was afgetreden. Jeltsin was in november 1987 ontslagen als partijleider van Moskou en uit zijn lidmaatschap van het Politbureau na een woedende ruzie met Ligachev. Gorbatsjov koos ervoor hem niet te steunen. Zo begon de titanenstrijd tussen Gorbatsjov en Jeltsin die zou uitmonden in Gorbatsjovs politieke ondergang. Als plaatsvervanger had Jeltsin voor het eerst een nationaal platform en hij gebruikte dat zeer handig. Zijn aanvallen waren vooral gericht op partijprivileges, het gebrek aan succes van perestrojka, de behoefte aan markthervormingen, en persoonlijke kritiek op Gorbatsjovs leiderschap.
Het nieuwe patroon aan de top herhaalde zich in elke republiek. Er werden congressen gekozen en daaruit ontstonden Opperste Sovjets. Lokale sovjetverkiezingen vonden ook plaats in het begin van 1990 en leidden tot vele schokken. Communistische ambtenaren, door Gorbatsjov aangemoedigd om zich kandidaat te stellen, werden vaak verslagen, zelfs wanneer zij zich als enige kandidaat stelden. Om verkozen te worden, had een afgevaardigde meer dan 50 procent van de uitgebrachte stemmen nodig. Glasnost gaf niet-Russische nationaliteiten de kans hun verzet tegen de Russische en communistische overheersing te uiten en leidde tot een groei van nationalisme en regionalisme. Dit werd nog verergerd door de economische achteruitgang. Vooral in de Baltische republieken voerden velen aan dat zij hun economische zaken beter konden regelen dan Moskou. Interetnische twisten en conflicten namen toe en leidden soms tot bloedvergieten. Het conflict in Nagorno-Karabach, een door Armeniërs gedomineerde enclave in Azerbajdzjan, was het meest gewelddadig en bitter. De nieuwgekozen Opperste Sovjets konden beweren namens de bevolking te spreken. Dit was vooral het geval in de Baltische staten. Meerpartijenpolitiek werd legitiem in 1990, toen artikel 6 van de grondwet, dat een communistisch monopolie had gegarandeerd, werd geschrapt. Honderden, ja zelfs duizenden informele verenigingen en vervolgens partijen kwamen tot stand in het ontvankelijke klimaat van glasnost en democratisering. Volksfronten, het meest opvallend in de Baltische staten, verenigden allen die zich verzetten tegen het Moskouse bewind en streefden naar onafhankelijkheid. Aangezien deze fronten de Opperste Sovjets overheersten, konden zij soevereiniteitsverklaringen afleggen. In maart 1990 ging Litouwen verder en verklaarde zichzelf onafhankelijk. In mei 1990 werd Jeltsin, ondanks Gorbatsjovs bittere tegenstand, voorzitter van de Russische Opperste Sovjet. De volgende maand verklaarde de Russische S.F.S.R. zichzelf tot soevereine staat. Het beweerde dat zijn wetten voorrang hadden boven de Sovjetwetten. Gorbatsjov verklaarde dit ongeldig. Dit was het patroon in elke republiek die zichzelf soeverein had verklaard. Het stond bekend als de “oorlog van de wetten.” Het gevolg was dat het voortbestaan van de U.S.S.R. in het geding kwam.
Gorbatsjov had al snel genoeg van de “new-look” U.S.S.R. Opperste Sovjet en wierp zijn net nog wijder uit in zijn zoektocht naar een model. Hij koos uiteindelijk voor een uitvoerend presidentschap gebaseerd op een mengeling van het Amerikaanse en het Franse presidentschap. Naar Amerikaans gebruik had hij een vice-president nodig. Helaas koos hij voor Gennadi Yanayev – de Kazakse leider Nursultan Nazarbayev en Shevardnadze hadden de baan afgewezen. De ministerraad van de U.S.S.R. werd afgeschaft en vervangen door een kabinet van ministers dat ondergeschikt was aan de president. Op papier had Gorbatsjov zijn ambitie waargemaakt: hij was de hoogste besluitvormer en zelfs een constitutioneel dictator. Zijn gezag, of zijn vermogen om beslissingen te nemen, was nog nooit zo groot geweest. De macht die in de Verenigde Staten en Frankrijk met de functie van president gepaard gaat, werd echter niet op hem overgedragen. Zijn macht of vermogen om zijn besluiten te doen uitvoeren nam dagelijks af.
De aanzet tot hervormingen kwam van het politiek actieve deel van de Communistische Partij en de samenleving. Het verzet tegen perestrojka was echter het hevigst onder dezelfde groep. De hervormers wisten dat de partij en het staatsapparaat in het verleden meesters waren in het blokkeren van hervormingen die zij als tegengesteld aan hun belangen beschouwden. De enige manier om een hervorming door te drukken was met een stormram. Gedurende de eerste drie jaar lanceerde Gorbatsjov een reeks hervormingen. Telkens hij op tegenstand stuitte van partijconservatieven, trok hij zich terug en zocht een andere weg om verder te komen. Volgens Jakovlev, een van de architecten van de perestrojka en de belangrijkste theoreticus, bereikte de revolutie van bovenaf een kritiek punt op de 19e Partijconferentie in juni 1988. Daar werd Gorbatsjov voor een grimmige keuze gesteld: vooruitgaan en de perestrojka omvormen tot een “waarlijk democratische revolutie van het volk, de hele weg gaan en de maatschappij totale vrijheid geven” of zich terugtrekken, een communistische hervormer blijven en binnen het bekende milieu van de bureaucratie blijven. Jakovlev zag verschillende gevaren voor perestrojka: het kon verstikt worden door stalinistische reactie of Brezjnevistisch conservatisme of gekaapt worden door ambtenaren die de slogans napraatten terwijl ze de macht onder elkaar herverdeelden. De keuze was tussen echte of gecontroleerde democratie. Begin 1988 was Fjodor Burlatskij lid van een kleine groep onder voorzitterschap van Anatolij Loekjanov. Deze stelde een tweefasenaanpak voor bij de verkiezing van een Opperste Sovjet. Het wettelijk gezag zou bij de lokale sowjets komen te liggen, maar de relatie tussen de partij en de sowjets werd in het vage gelaten. Burlatsky stelde rechtstreekse verkiezingen voor van de Opperste Sovjet, president en vice-president, maar iedereen was hier tegen, behalve Jakovlev. Gorbatsjov had een politieke revolutie kunnen bewerkstelligen, maar koos, trouw aan zijn strategie van weinig risico’s, voor Loekjanovs voorstel. Dit was een fatale vergissing. Als Gorbatsjov zich als president had verkiesbaar gesteld, had hij kunnen winnen. Hij zou dan de president van het volk zijn geworden. In plaats daarvan liet hij zich kiezen door het congres van volksafgevaardigden van de U.S.S.R., een orgaan dat door communisten werd gedomineerd. Helaas voor Gorbatsjov had hij de doos van Pandora geopend. De sociale en politieke krachten die door de perestrojka waren ontwaakt, konden niet van bovenaf worden gereguleerd. Als Gorbatsjov hen niet als zijn kiesdistrict wilde opeisen, dan deden anderen dat wel. De Communistische Partij verzette zich tegen de opmars naar democratie en verloor haar meer radicale leden. Zij richtten hun eigen groepen op en daagden de partij frontaal uit. Boris Jeltsin kwam naar voren als de meest waarschijnlijke leider van de radicale achterban. Zijn verkiezing tot voorzitter van het Russische parlement in mei 1990 bleek een keerpunt te zijn voor Gorbatsjov. Jeltsin werd een aantrekkingspool voor gefrustreerde, radicale, vooral economische, hervormers. Gorbatsjovs grootste fouten werden gemaakt in het economisch beleid.