Alternatieve kankerprotocollen gebruiken hoge-dosis enzymtherapie om tumoren af te breken, de bloedsomloop te ontdoen van afval en de immuunfunctie te stimuleren. Systemische enzymen, die in deze protocollen worden gebruikt, breken de beschermende coating van virussen af, waardoor ze vrijkomen zodat ze door het immuunsysteem kunnen worden geïdentificeerd en aangevallen. Virussen en andere pathogene micro-organismen verhogen de toxische belasting aanzienlijk, waardoor het immuunsysteem wordt belast. Het elimineren van deze infecties is van het grootste belang voor een optimale immuunfunctie.
Ditzelfde proces is van toepassing op kankercellen. Wanneer fibrine wordt afgebroken, kan het immuunsysteem zich efficiënter richten op pathogene indringers. Enzymen verhogen ook de immuunfunctie door het stimuleren van immuunmoleculen, zoals cytokinen, macrofagen en natuurlijke killercellen. Als het immuunsysteem op volle toeren draait, kan het zijn taken uitvoeren en de groei en verspreiding van kanker voorkomen.
Systemische enzymen verhogen de effectiviteit van conventionele kankertherapieën zoals chemotherapie en bestraling. Chemotherapie is beter in staat kankercellen aan te vallen wanneer fibrine wordt afgebroken, en lagere doses kunnen worden gebruikt. Door hun ontstekingsremmende en pijnstillende werking helpen enzymen de negatieve bijwerkingen van chemotherapie, zoals braken, pijn, spieratrofie en uitputting, te verzachten. Enzymen helpen ook bij het afbreken van littekenweefsel, een neveneffect van bestraling. Bovendien herstellen patiënten sneller van een operatie als ze enzymen innemen.