The Journal of Biomedical Informatics weerspiegelt een engagement voor originele onderzoekspapers, reviews en commentaren van hoge kwaliteit op het gebied van biomedische informatica methodologie. Hoewel we artikelen publiceren die gemotiveerd zijn door toepassingen in de biomedische wetenschappen (bijvoorbeeld klinische geneeskunde, gezondheidszorg, volksgezondheid, en translationele bio-informatica), legt het tijdschrift de nadruk op verslagen van nieuwe methodologieën en technieken die algemeen toepasbaar zijn en die de basis vormen voor de zich ontwikkelende wetenschap van de biomedische informatica. Artikelen over medische apparatuur; evaluaties van geïmplementeerde systemen (met inbegrip van klinische proeven van informatietechnologieën); of artikelen die inzicht verschaffen in een biologisch proces, een specifieke ziekte, of behandelingsmogelijkheden zouden over het algemeen meer geschikt zijn voor publicatie op andere plaatsen. Artikelen over toepassingen van signaalverwerking en beeldanalyse zijn vaak meer geschikt voor biomedische engineering tijdschriften of andere informaticatijdschriften, hoewel we ook artikelen publiceren die de nadruk leggen op informatiebeheer en kennisrepresentatie/modellering die zich voordoen bij de opslag en het gebruik van biologische signalen en beelden. Systeembeschrijvingen zijn welkom indien zij de onderliggende methodologie waarop het verslag voornamelijk is toegespitst, illustreren en onderbouwen en indien een poging wordt ondernomen om de generaliseerbaarheid en/of het toepassingsgebied van die methodologie te behandelen. Merk ook op dat, gezien het internationale karakter van JBI, papers die handelen over specifieke andere talen dan het Engels, of over landspecifieke gezondheidssystemen of benaderingen, alleen aanvaardbaar zijn voor JBI als ze generaliseerbare lessen bieden die relevant zijn voor het brede JBI lezerspubliek, ongeacht hun land, taal, cultuur of gezondheidssysteem.
Welke papers zijn geschikt voor JBI?
Papers die beantwoorden aan een behoefte in de geneeskunde, niet alleen een handige dataset om te analyseren met nieuwe methoden, die in plaats daarvan in een engineeringtijdschrift zouden kunnen worden geplaatst.
Betrokkenheid van professionals in de gezondheidszorg bij de motivatie van het werk en de evaluatie van de resultaten is meestal noodzakelijk.
We moedigen JBI-auteurs van originele onderzoekspapers aan om werk te beschrijven zoals het volgende:
“Ik had een reëel biomedisch probleem, ik probeerde bestaande technieken, maar ze werkten niet. Dus ontwikkelde ik een nieuwe methodologie en evalueerde de geschiktheid ervan en vergeleek die met de stand van de techniek in mijn reële domein. Dit zette me aan het denken over welke andere problemen deze nieuwe methode zou kunnen helpen oplossen. Ik relateerde hieraan in de Discussie en laat zien dat ik een nieuwe generieke methodologie heb die niet specifiek is voor een smal toepassingsdomein.”
“Hoewel ik bestaande ML-methodes heb gebruikt, heb ik een ‘methode van methodes’ gemaakt en gevalideerd die uitlegt hoe de bestaande methodes kunnen worden toegepast op een ruimte van biomedische problemen die unieke kenmerken delen die de keuze van de methodes beïnvloeden.”
Wat is biomedische informatica?
“Biomedische informatica is het interdisciplinaire veld dat het effectieve gebruik van biomedische gegevens, informatie en kennis bestudeert en nastreeft voor wetenschappelijk onderzoek, probleemoplossing en besluitvorming, gemotiveerd door inspanningen om de menselijke gezondheid te verbeteren.”
C A Kulikowski et al., AMIA Board white paper: definition of biomedical informatics and specification of core competencies for graduate education in the discipline, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, no. 6, pp. 931-938, November 2012.
Welke gebieden van biomedische informatica vallen buiten het bereik van JBI?
Papers over signaalverwerking, beeldvorming, medische apparatuur, communicatienetwerken, beveiliging vallen meestal buiten het bereik van JBI; zelfs papers over bio-informatica/ziekte modellering kunnen buiten het bereik vallen. Om in aanmerking te komen voor JBI moeten al deze papers nieuwe informaticamethodes introduceren die voortbouwen op een diepgaand begrip en gebruik van medische domeinkennis en moeten ze vertaalbaar zijn naar medische toepassingen. Voorbeelden van papers die niet in aanmerking komen, zijn papers die de structuur van DNA-sequenties voorspellen (niet translationeel) of papers over het modelleren van ziekteoverdracht die geen inzicht in en gebruik van epidemiologie van infectieziekten laten zien of die niet in de praktijk toepasbaar zijn.
De methoden die in JBI-papers centraal staan, kunnen afkomstig zijn uit een van een aantal wetenschapsgebieden op het gebied van biomedische informatica. Hoewel de methoden vaak gerelateerd zijn aan het gebied van de informatica, zullen veel JBI artikelen de nadruk leggen op innovatieve technieken uit andere gebieden, zoals besliswetenschap, statistiek, cognitiewetenschap, psychologie, informatiewetenschap, organisatietheorie, of managementwetenschap.
Als u overweegt uw bio-informatica artikel in te dienen bij JBI, wees u dan bewust van deze methodologische focus. Biologische ontdekkingen gebaseerd op het gebruik van routinematige informaticatechnieken kunnen belangrijke biologische bijdragen zijn, maar zijn niet geschikt voor JBI. Bovendien wil ik u erop wijzen dat JBI bio-informatica alleen publiceert als deze betrekking hebben op kwesties in de translationele (humane) wetenschap. Zie het Translational Bioinformatics editorial dat over dit onderwerp gaat voordat u uw paper indient.
Papers over biomedische privacy of beveiliging moeten ook nieuwe en praktische methodologieën bieden die duidelijk gemotiveerd zijn door de uitdagingen van de gezondheidszorg en de biogeneeskunde. Een gevestigde methode uit een ander vakgebied rechtvaardigt geen herpublicatie in JBI alleen omdat het is toegepast op een biomedisch probleem. We zijn ook op zoek naar artikelen die substantiële methodologische nieuwigheden beschrijven in plaats van kleine incrementele verbeteringen van eerder gepubliceerde technieken. Zie ons Privacy and Security editorial voor meer details over ons beleid voor acceptabele papers op dit gebied.
Papers zijn over het algemeen van zeven types:
1. Reguliere onderzoek papers: Presentatie en bespreking van een biomedisch of klinisch gemotiveerd systeem of benadering die de ontwikkeling van innovatieve methoden in plaats van de toepassing van gevestigde technieken heeft vereist. Motiverende toepassingen mogen worden besproken, maar de nieuwe methode moet zodanig worden besproken dat de generaliseerbaarheid duidelijk is, idealiter met een beoordeling van het bereik van de toepasbaarheid. Kies het artikeltype “Research Paper” tijdens de indieningsprocedure.
2. Methodological review papers: Recensies van een methodologische aanpak die de introductie, het gebruik, de successen en de beperkingen ervan samenvatten. Dergelijke recensies zullen ook vaak toekomstige onderzoeksrichtingen voorstellen of een methode bekritiseren en het scala van problemen bespreken waarvoor zij mogelijk geen geschikte oplossing is. Merk op dat dergelijke reviews zich moeten toespitsen op een methode of aanpak, niet op een specifiek toepassingsdomein (vermijd bijvoorbeeld het indienen van reviews zoals “Computers in Diabetes Management”). Kies het artikeltype “Review article” tijdens het indieningsproces.
3. Commentaren: Dit zijn artikelen, over het algemeen korter dan research papers, die de neiging hebben om eerder gepubliceerde artikelen te bespreken of een thema dat een belangrijk aandachtsgebied is voor de methodologische basis van biomedische informatica onderzoek en de toepassing ervan. Commentaren worden vaak uitgenodigd, maar kunnen na overleg met de redactie door iedereen worden ingediend. Als het indienen van een commentaar wordt overwogen, stuur dan van tevoren een kort voorstel naar [email protected]. Als uw inzending van een Commentaar is gevraagd, of goedgekeurd door de redacteur, kies dan het artikeltype “Discussions” tijdens het inzendingsproces en geef in de begeleidende brief aan dat uw manuscript bedoeld is als Commentaar.
4. Speciale mededelingen:Dit zijn artikelen die een onderwerp behandelen dat van breed belang is voor de methodologisch georiënteerde informatica onderzoeksgemeenschap. Ze kunnen verslag doen van de resultaten van workshops of onderzoeksstudies, en bieden in het algemeen lessen of richtlijnen die nuttig zijn voor anderen. Dergelijke artikelen hoeven geen verslag te doen van innovatieve nieuwe informatica-methodologieën. Als u de indiening van een speciale mededeling overweegt, dient u vooraf een kort voorstel in te dienen bij [email protected]. Als uw indiening van een speciale mededeling door de redacteur is goedgekeurd, kies dan tijdens het indieningsproces het artikeltype “Discussie” en geef in de begeleidende brief aan dat uw manuscript bedoeld is als een speciale mededeling.
5. Brieven aan de redacteur: Brieven kunnen worden ingediend en zullen worden overwogen voor mogelijke publicatie in het tijdschrift. Ze geven meestal commentaar op een eerder gepubliceerd artikel. Kies tijdens de indieningsprocedure het artikeltype “Correspondentie”.
6. Boekbesprekingen: De redactie zal af en toe een nieuw boek identificeren dat waarschijnlijk interessant zal zijn voor het JBI lezerspubliek. Zij zullen individuele personen uitnodigen om recensies van deze boeken te schrijven, en dergelijke inzendingen zijn alleen op uitnodiging. Ongevraagde boekbesprekingen worden niet in behandeling genomen. Kies het artikel type “Book review” tijdens het indieningsproces.
7. Editorials: De redactie of haar genodigden zullen af en toe redactionele artikelen publiceren, maar ongevraagde redactionele artikelen worden niet in behandeling genomen. Kies tijdens de indieningsprocedure het artikeltype “Editorial”.
Wanneer een auteur een manuscript indient in antwoord op een oproep voor papers voor een speciale thematische uitgave, moet de categorie van de indiening de titel van de speciale uitgave zijn, maar in de begeleidende brief moet worden aangegeven of het artikel een methodologische beoordeling, een gewone paper of een commentaar is.
Verder achtergrond ter beoordeling voorafgaand aan het indienen van een paper
The Journal of Biomedical Informatics (JBI), voor het eerst gepubliceerd door Academic Press in 1968 onder de titel Computers and Biomedical Research (CBR), werd herontworpen en hernoemd te beginnen met Volume 34 in 2001. Voortbouwend op een sterke 33-jarige geschiedenis sinds de première van CBR in 1968, hebben wij een aantal veranderingen aangebracht om het tijdschrift te actualiseren en te heroriënteren in het licht van de evolutie van het vakgebied, en tegelijkertijd te trachten een niche te vullen die niet duidelijk als centraal aandachtspunt wordt aangemerkt door de andere tijdschriften die papers in biomedische informatica-onderzoek publiceren. Wij hebben dat doel als volgt geformuleerd in ons inaugurele redactioneel:
“Het wordt steeds moeilijker om artikels te publiceren die een brede aantrekkingskracht hebben op een divers lezerspubliek. We hebben daarom besloten dat het belangrijk is om in de komende jaren een strakkere focus aan te brengen in het tijdschrift, en het is met dit in gedachten dat we de naam van het tijdschrift hebben veranderd om een moderner en nauwer accent te weerspiegelen. Het is de bedoeling dat het Journal of Biomedical Informatics (JBI) de andere belangrijke tijdschriften op het gebied van biomedische informatica aanvult en niet ermee concurreert. In het bijzonder willen we de nadruk leggen op artikelen die methodologieën verduidelijken die algemeen toepasbaar zijn in biomedische domeinen en die helpen de wetenschappelijke basis te vormen voor het vakgebied. Artikelen zullen eerder betrekking hebben op informatietechnologie dan op medische apparatuur, en op onderliggende methoden eerder dan op systeembeschrijvingen of summatieve evaluaties. U mag verwachten dat dit tijdschrift een uitstekende bron zal zijn van nieuwe ideeën over de aanpak van moeilijke problemen die zich voordoen bij de ontwikkeling van computationele oplossingen voor problemen in de biomedische wetenschappen en de klinische praktijk.”
Met bijna twee decennia van publicatie onder de JBI-titel, zijn we verheugd over het succes van het tijdschrift. Het heeft een reputatie van uitmuntendheid en striktheid en wij hopen dat onze lezers en gepubliceerde auteurs evenzeer onder de indruk zijn van de kwaliteit van zowel het werk als het schrijven dat wij op deze pagina’s hebben aangetrokken.
JBI wil papers publiceren die een conceptuele bijdrage leveren aan het vakgebied, typisch door het beschrijven van een innovatie in methodologie of techniek of door het bespreken van inhoudelijke generaliseerbare lessen die zijn geleerd in de context van een interessant informaticaproject. Wanneer een bijdrage een theoretische basis heeft, is die theorie ook een geschikt accent voor de uiteenzetting. Onze ervaring is dat veel onderzoeksprojecten die beginnen als toepassingen uitmonden in methodologische innovatie die, op de juiste manier beschreven, bijdraagt aan de wetenschappelijke basis van ons vakgebied. We ontmoedigen dus geen inzendingen die interessante toepassingen bespreken, maar moedigen eerder aan om na te gaan hoe het best kan worden geschreven over generaliseerbare methodologische inzichten die voortvloeien uit het toegepaste werk en waarvan anderen kunnen profiteren. Wij zijn van mening dat dergelijke artikelen de kern vormen van de biomedische informatica als wetenschap.
Er zijn vijf hoofdredenen voor het terugsturen van artikelen zonder beoordeling. De meest voorkomende reden is misschien wel dat een artikel in de eerste plaats een beschrijving is van een informaticatoepassing of de evaluatie daarvan. Een nieuw klinisch systeem dat een belangrijk klinisch probleem aanpakt, maar geen nieuwe methodologie biedt, zou meer op zijn plaats zijn in een ander tijdschrift, hetzij in de toegepaste informatica, hetzij in het klinische toepassingsdomein. Op dezelfde manier zijn survey/vragenlijst studies of analyses van gebruikersbehoeften waarschijnlijk alleen geschikt voor JBI als ze bijdragen aan nieuwe methoden voor het uitvoeren van dergelijke studies of analyses, of nieuwe inzichten in gebruikersgedrag, cognitieve wetenschap, of mens-computer interactie.
Een tweede reden voor het terugsturen van papers zonder review doet zich voor wanneer een paper niet gaat over de kernbegrippen informatica van informatie- en kennismanagement. Meestal gebeurt dit wanneer een artikel een nieuw medisch hulpmiddel of een benadering van biomedische signaal- of beeldverwerking voorstelt, vooral wanneer de nadruk ligt op numerieke methoden of fysiologische monitoring in plaats van informatieverwerking en -beheer of op kennis gebaseerde benaderingen. Dergelijke artikelen verwijzen we meestal naar tijdschriften over biomedische techniek of naar klinische tijdschriften in het toepassingsdomein (bv, een cardiologie tijdschrift voor nieuwe benaderingen van elektrocardiogram analyse, of een imaging tijdschrift voor een nieuwe wiskundige benadering van segmentatie of andere aspecten van beeldanalyse).
Ten derde, omdat het gebied van de biomedische informatica is gemotiveerd over alle toepassingen een positieve invloed op de menselijke gezondheid of de behandeling van de menselijke ziekte te hebben, moeten bio-informatica papers ingediend bij JBI op het gebied van translationele bio-informatica (TBI) zijn. Wij verwerpen routinematig artikels zonder nazicht indien zij fundamentele bioinformaticaoplossingen behandelen die breed toepasbaar zijn (b.v. analytische methodes voor microarrays) maar niet specifiek gemotiveerd zijn door menselijke gezondheid of ziekte. Wij publiceren dan ook geen artikelen over bio-informatica voor planten of dieren of genomicamethoden die specifiek voor gebruik in de landbouw of zoölogie zijn bestemd.
Vierde, we gebruiken ondersteunende software om elke inzending naar JBI te beoordelen, waarbij we kijken of er bewijs is van significant hergebruik van tekst uit andere gepubliceerde artikelen. In sommige gevallen worden de eerdere publicaties niet eens geciteerd in het nieuwe artikel. Ongeacht of de auteurs van een manuscript ook de auteurs zijn van een artikel waaruit tekst is hergebruikt, weigeren wij in het algemeen artikelen te beoordelen die een aanzienlijke overlapping met andere publicaties vertonen. Dergelijke praktijken leiden niet alleen tot bezorgdheid over plagiaat (of zelfplagiaat), maar doen ook vragen rijzen over de nieuwheid van het in het nieuwe manuscript gepresenteerde werk. We verwachten dat alle artikelen nieuw geschreven zijn en vragen dat de manuscripten (en de begeleidende brief) duidelijk maken hoe het nieuwe werk voortbouwt op, de mogelijkheden vergroot, of de mogelijkheden overtreft van, eerder gepubliceerd werk.
Ten slotte, hoewel JBI een internationaal tijdschrift is en we de uitdagingen begrijpen waarmee auteurs worden geconfronteerd wanneer Engels niet hun moedertaal is, hebben sommige artikelen zulke ernstige problemen met hun Engelse uiteenzetting dat we ze afwijzen of terugsturen voor revisie, waarbij we de betrokkenheid van een redacteur of coauteur die deskundig is in Engels voorstellen voordat het artikel geschikt kan worden bevonden voor het wetenschappelijke beoordelingsproces. Kleine taalproblemen kunnen in het redactieproces worden gecorrigeerd, maar ernstiger problemen verhinderen een adequate beoordeling van de wetenschappelijke bijdrage.
Van de artikelen die zijn beoordeeld, is ons uiteindelijke aanvaardingspercentage nu ongeveer 25%. Elk gepubliceerd artikel is pas aanvaard na aanzienlijke revisies, dus auteurs moeten niet verbaasd zijn wanneer revisies nodig zijn voordat een artikel klaar is voor publicatie. Wij zijn echter van mening dat de strengheid die wij in het beoordelings- en revisieproces hebben ingevoerd, heeft geleid tot een beter, wetenschappelijk bruikbaarder product. Zo blijkt uit anekdotische feedback en uit citatie- en downloadgegevens dat de methodologische recensies die in bijna elk nummer zijn opgenomen, op grote schaal zijn gebruikt voor onderwijs- en studiedoeleinden.
We hebben sinds de overgang van CBR naar JBI elk jaar een toenemend aantal ingezonden artikelen ontvangen. In ons eerste jaar ontvingen we ongeveer 100 manuscripten, maar nu ontvangen we meer dan 800 papers per jaar. Als gevolg daarvan is het tijdschrift in omvang gegroeid, met meer papers per nummer. Wij wijden ook twee of drie nummers per jaar aan speciale methodologische onderwerpen onder toezicht van gastredacteuren die dergelijke speciale onderwerpen aan ons voorstellen. Geaccepteerde papers worden onmiddellijk online beschikbaar gesteld en geïndexeerd in Medline. Ze verschijnen kort daarna in een samengestelde “virtuele” uitgave op ScienceDirect. Sinds 2016 produceren we geen gedrukte versie meer van JBI, omdat we geleerd hebben dat het overgrote deel van de toegang tot het tijdschrift via het internet en ScienceDirect verloopt. Gedrukte exemplaren van volledige nummers zijn verkrijgbaar bij Elsevier via de Print on Demand-diensten. De artikelen kunnen in open access worden gepubliceerd tegen betaling van een vergoeding door de auteurs, maar anders zijn zij alleen beschikbaar voor abonnees gedurende de eerste 12 maanden na publicatie. Daarna worden ze opengesteld voor vrije toegang in ons ScienceDirect open archief. Omdat het tijdschrift online-only wordt geproduceerd, zijn er geen beperkingen of kosten verbonden aan het gebruik van kleur in figuren of foto’s in ingezonden manuscripten.
Wij moedigen u aan uw beste methodologische werk bij JBI in te dienen. Bedenk dat wij mogelijkheden bieden voor een diepgaande bespreking van een innovatieve aanpak, zoals beoordeeld door onze recensenten en de redactie, en dat wij een arbitraire beperking van het aantal woorden of andere maatstaven met betrekking tot de lengte van afzonderlijke artikelen hebben vermeden. Wij moedigen ook papers aan die doctoraal proefschriftwerk beschrijven, en benadrukken dat de uitgebreide onderwerpbesprekingen die in een proefschrift worden ondernomen vaak kunnen worden aangepast om een methodologisch overzichtsartikel te ontwikkelen dat geschikt is voor JBI. Het tijdschrift heeft ook geen paginakosten en kan multi-media componenten bevatten voor artikelen in de online omgeving.
Biomedische informatica is een ontluikend gebied, met belangrijke toepassingen en implicaties in de biomedische en klinische wereld. Wij willen graag dat de onderzoeksgemeenschap JBI consequent aanwijst als het tijdschrift dat de wetenschappelijke basis voor het vakgebied het beste definieert. Daarom nodigen wij zowel uw bijdragen als uw lezerspubliek uit.
Mor Peleg
Editor-in-Chief
Hide full Aims & Scope