De oudst bekende vormen van isolatie zijn die welke meer dan 3400 jaar geleden in de Pentateuch (Bijbel) werden vermeld, met name in het geval van lepra. Hippocrates en Galenus adviseerden in de 5e eeuw v. Chr. “Cito, Longe, Tarde”, wat betekent “ga snel, ga ver weg en kom laat terug”.
Vanaf de 13e en 14e eeuw groeiden de vormen van isolement. Besmette personen werden van elkaar gescheiden om te voorkomen dat de ziekte zich onder de oude Israëlieten zou verspreiden volgens de Mozaïsche wet, zoals vastgelegd in het Oude Testament.
Venetië nam het voortouw bij de sanitaire maatregelen om de verspreiding van de pest tegen te gaan, door in de eerste jaren van de Zwarte Dood (1348) drie gezondheidsbewakers aan te stellen. Het woord “quarantaine” is afkomstig van de Italiaanse uitdrukking quaranta giorni, wat “veertig dagen” betekent. Het gebruik ervan op schepen heeft zijn naam bepaald, hoewel er geen wetenschappelijke reden aan ten grondslag ligt. Voor de meeste ziekten bedraagt de incubatietijd minder dan veertig dagen, op enkele uitzonderingen na, zoals besmettelijke mononucleose of kuru.
In het huidige tijdperk was de vrees voor besmetting bij terugkeer van de maan (een interplanetaire besmetting) de belangrijkste reden voor de quarantaineprocedures die werden vastgesteld voor het eerste missieprogramma van het Apollo-programma. Astronauten en maanmonsters werden in quarantaine gehouden in het Lunar Receiving Laboratory. Ook voor monsters van een toekomstige Mars-retourmissie is er een quarantaineprotocol, dat zou worden uitgevoerd in een bioveiligheidslaboratorium van niveau 4, bekend als de Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).