SRA

Inzendingsdetails

Registreer een studie en proefpersonen bij dbGaP

Een interactief overzicht van dbGaP indiening vindt u hier.

Het dbGaP indieningsdocumentatiepakket kan hier worden gedownload [.

Alle vragen met betrekking tot deze fase van indiening moeten worden gericht aan [email protected].

SRA: Dien sequencing-metadata in bij SRA-curator

Contacteer SRA-medewerkers op [email protected] en vermeld de toetreding van uw studie (phs######) in de onderwerpregel (dit helpt om uw probleem aan de juiste persoon toe te wijzen) en de SRA zal u een sequencing-metadata-spreadsheet verstrekken die u moet invullen en terugsturen.

De monsterkolom van het sequencing metadata-spreadsheet wordt vooraf gevuld met uw dbGaP-identifiers (de toetreding van de studie en de dbGaP’s monster-ID’s). U moet het spreadsheet aanvullen met de vereiste technische details en de namen en MD5-controlesommen van de sequentiebestanden die u zult uploaden

Let erop dat elke library_id uniek moet zijn, dat de titel gebruikers in staat moet stellen uw sequenties te identificeren en te onderscheiden, en dat de ontwerpbeschrijving een korte (1 tot 3 zinnen) materiaal- en methodebeschrijving moet zijn die beschrijft hoe de bibliotheek is geprepareerd en gesequenced. Aanvullende instructies en beschrijvingen zijn te vinden in het spreadsheet. Gelieve de ontwerpbeschrijving als eenregelige tekst zonder newlines of speciale tekens te verstrekken.

SRA: Breng sequentiebestanden over naar de beveiligde SRA-account

Een SRA-curator zal u helpen bij het uploaden van uw bestanden zodra uw sequencing-metadataspreadsheet is ingevuld en geretourneerd.

Upload de gegevensbestanden alleen naar de uploadaccount die u is verstrekt na het invullen van de metadataspreadsheet.

U moet:

1. Een ssh-sleutelpaar genereren.
2. Het publieke sleutelbestand (bijvoorbeeld *.pub) aan NCBI verstrekken.
3. Gebruik ascp om bestanden over te dragen.

Inzenders moeten het command-line programma ascp van Aspera gebruiken om de gegevensbestanden over te dragen. ascp wordt geleverd met Aspera Connect, dat beschikbaar is op de download pagina hier: Aspera Connect Downloads.

Dit programma is gratis te gebruiken voor indieners die gegevens verzenden naar en van NCBI. Controleer bij uw lokale netwerkteam of UDP transfer is ingeschakeld voor de volgende IP-reeks: 130.14.\*.\* en 165.112.\*.\*. De firewall moet ook uitgaand ssh-verkeer naar NCBI toestaan.

Aspera-sleutelparen

Submitters moeten sleutelparen genereren om de Aspera-uploadaccount te kunnen gebruiken (zie onderstaande instructies voor het maken van een sleutelpaar op verschillende besturingssystemen).

Zend alleen de openbare sleutel naar de SRA-curator die momenteel helpt om toegang te krijgen tot de [email protected]-uploadaccount.

Linux/Unix en OS X

Linux/Unix en OS X gebruikers kunnen de command line ssh-keygen utility gebruiken.

De volgende commandoregel maakt een private sleutel (mykey) en een publieke sleutel (mykey.pub) aan in de huidige werkdirectory:

PuTTYgen voor Windows

Instructies voor het downloaden en gebruiken van PuTTYgen voor het genereren van sleutelparen kan worden gevonden in de meer gedetailleerde gids hier: Aspera Keys.

Aspera command line usage

Als uw sleutel is toegevoegd en u toegang heeft gekregen, kunt u uw bestanden uploaden via ascp.

Een voorbeeld ascp commando voor dbGaP uploads:

Waar:

• <directory> is ofwel test of protected.
• <key file> een private key bestand is (volledige padnaam moet worden gebruikt).

Stel de -T optie niet in voor beveiligde overdrachten.

Bevestig ontvangst van gegevens

Als alle bestanden en metadata zijn geüpload, bevestig dan met uw SRA Curator dat het SRA gedeelte van uw dbGAP inzending compleet is. De curator kan een verslag maken van de bestanden die zijn geladen. Er is ook een nachtelijk rapport per monster beschikbaar op de dbGaP website. Verander in het onderstaande adres de toetreding phs000000 in uw studie voor het rapport. Voor het rapport in XML-formaat verandert u rettype=html in rettype=xml.