In 1831 arriveerde pater Patrick O’Kelly om de Ierse kolonisten in het Washtenaw-gebied te dienen. De eerste mis in Ann Arbor werd op 12 juli 1835 in een privé-woning opgedragen en in datzelfde jaar werd begonnen met de bouw van een permanente kerk. Zijn opvolger, pater Thomas Cullen, kocht in 1842 grond aan East Kingsley Street bij Division Street, en op deze grond werd de eerste kerk gebouwd – de eerste bakstenen kerk in Ann Arbor. De kerk werd pas in 1845 ingewijd, omdat bisschop Lefevre geen kerken inwijdde voordat ze schuldenvrij waren.
De begraafplaats van de kerk, aan North Main Street, werd in 1843 aangekocht, maar pas in 1878 ingewijd. In 1868 kocht de parochie een voormalige openbare school verderop in de straat en opende haar parochiale school, de St. Thomas the Apostle School, die in 2018 haar sesquicentennial vierde.
Fr. Edward D. Kelly werd pastoor in 1891, en vond de bestaande kerk ontoereikend voor de behoeften van de parochie. Hij begon in 1896 fondsen te werven voor de huidige kerk, die in 1899 werd ingewijd en in 1905 werd voltooid. De pastorie van gele baksteen werd voltooid in 1902, en een klooster voor de zusters van het Onbevlekt Hart van Maria in de Elizabethstraat in 1911. In de loop der jaren sponsorde de parochie het eerste ziekenhuis in Ann Arbor en twee andere katholieke parochies.
In 1977 werden de klassen 9 tot en met 12 afgesplitst van de St. Thomas the Apostle School en werd het de Father Gabriel Richard Catholic High School, een onafhankelijke instelling, die in 2003 naar een nieuwe campus verhuisde.