Mass Cytometry
Mass cytometry, of CyTOF (Fluidigm), is een variant van flow cytometrie waarbij antilichamen worden gelabeld met zware metaal ion tags in plaats van fluorochromen. De uitlezing gebeurt via time-of-flight massaspectrometrie. Dit maakt de combinatie van veel meer antilichaam-specificiteiten in één enkel monster mogelijk, zonder significante spill-over tussen kanalen. Wij hebben gestandaardiseerde panels voor immunofenotypering, fenotypering+intracellulaire cytokinekleuring (ICS), en fenotypering+fosfo-CyTOF, elk met 30 tot 38 antilichamen. Neem contact op met [email protected] voor meer informatie.
Immunofenotypering: Ons CyTOF-immunofenotyperingspanel met 33 antilichamen is ontworpen voor gebruik met gecryopreserveerde PBMC, hoewel het kan worden aangepast voor andere soorten monsters. Een beperkt aantal extra antilichamen kan worden toegevoegd aan open kanalen, afhankelijk van beschikbaarheid.
Intracellulaire cytokinen: Ons CyTOF ICS-panel met 38 antilichamen is in de eerste plaats gericht op de dissectie van T-celreacties. Beperkte substituties zijn mogelijk (met de gebruikelijke zoals vermeld).
Fosfo-CyTOF: Ons 30-antilichamen fosfo-CyTOF-panel kan met de aangegeven stimuli worden gebruikt om een breed scala van signaalwegen in veel verschillende celsubsets uit te lezen. Toevoegingen of vervangingen in dit panel zijn moeilijker, als gevolg van de eis voor oppervlakte marker antilichamen om goed te werken op vaste epitopen.
Zie de lijst van standaard antilichamen in deze drie CyTOF-panels hier. (herzien juni 2018)
Voor een video-interview met Dr. Mike Leipold over experimentele CyTOF-kwesties, zie https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Gebruiksinstructies
1. Planning van uw assay: CyTOF assays worden uitgevoerd in batches van maximaal 12 monsters. Als u meer monsters hebt, probeer dan uw batches willekeurig samen te stellen, zodat bijvoorbeeld gevallen en controles niet in aparte batches worden gescheiden.
2. Het verzamelen van uw monsters: Gebruik een geoptimaliseerd CRYOPRESERVATIEPROTOCOL voor levensvatbare PBMC. Wij raden aan 10^7 cellen per cryovial in te vriezen, en één cryovial te leveren voor elk van de bovengenoemde assays. PBMC verwerking en cryopreservatie diensten zijn ook beschikbaar via onze Bloed Verwerking Unit.
3. Het runnen van uw monsters: Een online bestelling is vereist voordat monsters kunnen worden uitgevoerd. De doorlooptijd varieert afhankelijk van de grootte van uw project en de huidige werkdruk; kleinere projecten kunnen gewoonlijk binnen 3-4 weken na het plaatsen van de bestelling en het leveren van de monsters worden afgerond.
4. Gegevensanalyse: Wij bieden een standaard gegevensanalyse met behulp van FlowJo-software. Een Excel-rapport met percentages van alle gated populaties, evenals pdf’s van de gating resultaten en alle fcs-bestanden, worden verstrekt via Google Drive. Voor standaard panelen, is de Excel-gegevens simulataneously geüpload naar onze online database, Stanford Data Miner, waar het kan worden geïntegreerd met andere HIMC gegevens van uw lab, evenals klinische / demografische gegevens, indien verstrekt. Klik op de help link in de linkerbovenhoek van de Data Miner homepage voor instructies over het gebruik van dit systeem.
Statistisch overleg is beschikbaar via de HIMC Statistical Consulting Service.
Protocollen
Zie onze Protocollen pagina voor gedetailleerde lab protocollen, alsmede korte beschrijvingen geschikt voor publicaties of subsidieaanvragen.
Aanvullende informatie:
- Mass Cytometry Review (Trends in Immunology)
- Analyseren van CyTOF data in FlowJo