Nieuwe rapporten geven aan dat de populatie van de Cubaanse krokodil tekenen van herstel vertoont; de populatie in het Zapata moeras wordt geschat op 3.000 à 6.000 individuen.
Er zijn twee belangrijke bedreigingen: de jacht en hybridisatie, vooral met de Amerikaanse krokodil, waardoor de zuivere genenpool van deze soort wordt beperkt. De jacht is van de jaren negentig tot heden sterk toegenomen en dient voornamelijk de toeristenindustrie of voor plaatselijke consumptie. Hybridisatie wordt al lang vermoed maar slecht begrepen. Recente genetische studies leveren het bewijs dat er in het wild op grote schaal hybridisatie optreedt. Een populatie in gevangenschap is aanwezig in twee gebieden (in het Zapata-moeras en in het Lanier-moeras) maar hybride dieren worden ook in deze populaties sterk vermoed. Voor geen van beide bedreigingen is een oplossing gevonden.
Deze soort is opgenomen in Bijlage I van CITES. Er zijn ook directe instandhoudingsmaatregelen, waaronder fokprogramma’s in gevangenschap, herintroducties en beschermde gebieden. Er wordt nog steeds illegaal gejaagd; daarom is verder oogstbeheer nodig om de huidige achteruitgang van de populatie te beperken.
Er worden actieve maatregelen genomen om ervoor te zorgen dat beide bestaande populaties goed beschermd blijven, maar een andere belangrijke instandhoudingsprioriteit is de vestiging van een alternatieve wilde populatie.