Sinds ongeveer 1850 heeft de Cambodjaanse vlag een afbeelding van Angkor Wat in het midden. De huidige vlag, met een blauwe bonce in 1948. Hij werd gebruikt tot 9 oktober 1970, toen een nieuwe vlag werd ingevoerd voor de Khmer-republiek van Lon Nol, die standhield tot de machtsovername door de Rode Khmer in 1975. De daaropvolgende staat Democratisch Kampuchea, die van 1975 tot 1979 bestond, gebruikte vanaf 1976 een rode vlag met een geel Angkor Wat-ontwerp met drie torens. De Volksrepubliek Kampuchea werd opgericht in 1979, na de Vietnamese invasie van Cambodja.
Het Kampuchean National United Front for National Salvation (FUNSK) liet de vlag die door de Khmer Issarak was aangenomen in de dagen van het anti-Franse verzet, herleven voor de nieuwe staat. Deze vlag had hetzelfde kleurenpatroon als de DK-vlag, maar met een geel silhouet van Angkor Wat met vijf torens. Toen de PRK zichzelf in 1989 omdoopte tot “Staat Cambodja” (SOC), werd de onderste helft van de vlag blauw. Tijdens de overgangsperiode 1992-1993 werd de UNTAC-vlag gebruikt, samen met de vlag van de SOC binnen Cambodja.
In 1993 werd de Cambodjaanse vlag van 1948 opnieuw aangenomen. De huidige Cambodjaanse vlag is, samen met de vlaggen van Afghanistan, Bolivia, Portugal, San Marino en Spanje, de enige zes staatsvlaggen waarop een gebouw staat afgebeeld. Rood en blauw zijn de traditionele kleuren van Cambodja.
De vlag die nu wordt gebruikt is dezelfde als die van 1948, hoewel soms wordt gezegd dat de oudere vlag een rode omlijning gebruikte voor Angkor Wat, terwijl de huidige vlag specifiek zwart gebruikt. Sinds die tijd zijn er vijf andere tussenliggende ontwerpen gebruikt. Bijna alle maakten gebruik van de afbeelding van de tempel van Angkor Wat in een of andere vorm. Deze beroemde tempel, die dateert uit de 12e eeuw, werd gebouwd door de monarchen van Mahidharapura. Hij heeft vijf torens, maar die waren niet altijd allemaal afgebeeld in de gestileerde versie die op vlaggen wordt gebruikt. De monarchie werd in september 1993 hersteld; de vlag van 1948 werd in juni van dat jaar opnieuw vastgesteld.