Ostatnie badania wykazały, że allopoliploidyzacja przyspiesza ewolucję genomu w pszenicy na dwa sposoby: (1) allopoliploidyzacja wyzwala szybkie zmiany genomu (zmiany rewolucyjne) poprzez natychmiastowe generowanie różnych kardynalnych zmian genetycznych i epigenetycznych, oraz (2) stan allopoliploidalny ułatwia sporadyczne zmiany genomowe w trakcie życia gatunku (zmiany ewolucyjne), które nie są osiągalne na poziomie diploidalnym. Zmiany rewolucyjne obejmują (1) nielosową eliminację kodujących i niekodujących sekwencji DNA, (2) zmiany epigenetyczne, takie jak metylacja DNA kodującego i niekodującego, prowadzące m.in. do wyciszania genów, (3) aktywację genów i retroelementów, co z kolei zmienia ekspresję sąsiednich genów. Te wysoce powtarzalne zmiany zachodzą w mieszańcach F1 lub w pierwszym pokoleniu (pokoleniach) powstających allopoliploidów i były podobne do tych, które wystąpiły dwukrotnie w przyrodzie: po raz pierwszy przy tworzeniu się alotetraploidalnej pszenicy (około 0,5 miliona lat temu) i po raz drugi przy tworzeniu się heksaploidalnej pszenicy (około 10 000 lat temu). Eliminacja niekoduj±cych sekwencji z jednej z dwóch par homologicznych w tetraploidach i z dwóch par homologicznych w heksaploidach, zwiększa zróżnicowanie homologicznych chromosomów na poziomie poliploidalnym, dostarczaj±c w ten sposób fizycznej podstawy dla diploidalnego zachowania mejotycznego allopoliploidalnej pszenicy. Regulacja ekspresji genów może prowadzić do poprawy interakcji międzygenomowych. Inaktywacja genów prowadzi do szybkiej diploidyzacji, podczas gdy aktywacja genów poprzez demetylację lub transkrypcyjną aktywację retroelementów zmieniających ekspresję sąsiednich genów, prowadzi do powstania nowych wzorów ekspresji. Zmiany ewolucyjne obejmują (1) horyzontalny międzygenomowy transfer segmentów chromosomów pomiędzy składowymi genomami, (2) wytwarzanie rekombinowanych genomów poprzez hybrydyzację i introgresję pomiędzy różnymi gatunkami allopoliploidalnymi lub, rzadziej, pomiędzy allopoliploidami i diploidami, oraz (3) mutacje. Zjawiska te, podkreślające plastyczność genomu zarówno pod względem struktury, jak i funkcji, mogą poprawić zdolności adaptacyjne nowo powstałych allopoliploidów i ułatwić ich szybkie i udane zadomowienie się w przyrodzie.