Margil wstąpił do zakonu franciszkanów w swoim rodzinnym mieście Walencji w Hiszpanii 22 kwietnia 1673 roku. Po święceniach kapłańskich zgłosił się na ochotnika na misje w Ameryce Północnej i przybył do Vera Cruz 6 czerwca 1683 roku. Stacjonował w kolegium misyjnym w Santa Cruz, w Querétaro, ale ogólnie był zaangażowany w dotarcie do misji na Jukatanie, w Kostaryce, Nikaragui, a zwłaszcza w Gwatemali.
Zawsze chodził boso, bez sandałów, pościł każdego dnia w roku, nigdy nie używał mięsa ani ryb, niemiłosiernie stosował wobec siebie dyscyplinę i inne narzędzia pokuty. Spał bardzo mało, ale większą część nocy, jak również czas przeznaczony na sjestę, spędzał na modlitwie.
Dnia 25 czerwca 1706 r. Margil został mianowany pierwszym gwardianem nowo powstałego kolegium misyjnego w Guadalupe, w Zacatecas. W 1716 roku poprowadził zespół trzech ojców i dwóch świeckich braci do Teksasu i założył misje Guadalupe wśród Nacogdoches, Dolores wśród Ays, i San Miguel wśród Adays. Miejsca te znajdują się we współczesnym wschodnim Teksasie i północnej Luizjanie.
Kiedy Francuzi zniszczyli te misje, ojciec Margil wycofał się do Rio San Antonio (rzeka San Antonio). Pozostał w pobliżu obecnego miasta San Antonio w Teksasie przez ponad rok. Tam założył Mission San José (Texas), aby służyć Indianom Coahuiltecan.
Następnie powrócił ze swoimi kapłanami na miejsce swojej dawnej działalności, odnowił misje i poświęcił swoją uwagę francuskim osadnikom w Luizjanie. W 1722 r. został wybrany gwardianem swojego kolegium; po zakończeniu kadencji wznowił pracę misyjną w Meksyku. Zmarł w mieście Meksyk w Convento Grande de San Francisco.
.