Apolinario Mabini urodził się w Talaga, Tanauan, Batangas, 22 lipca 1864 roku. Jego rodzice należeli do zubożałego chłopstwa. Studiował w Colegio de San Juan de Letran w 1881 roku oraz na Uniwersytecie Santo Thomas, gdzie w 1894 roku uzyskał tytuł prawnika. W tym czasie zarabiał na życie ucząc łaciny, a następnie służąc jako kopista w Sądzie Pierwszej Instancji w Manili.
W 1896 roku Mabini zapadł na chorobę, prawdopodobnie paraliż dziecięcy, który pozbawił go władzy w nogach. Kiedy pod koniec tego samego roku wybuchła rewolta Katipunan, władze hiszpańskie aresztowały go. Nieznany przez wielu, Mabini był już członkiem reformatorskiego stowarzyszenia José Rizala, Liga Filipina. I choć jako pacyfistyczny reformista był początkowo sceptyczny wobec zbrojnego powstania Andresa Bonifacio, Mabini przekonał się później o niemal fanatycznym pragnieniu emancypacji ludu. Następnie wydał wywrotowe manifesty wzywające wszystkich Filipińczyków do zjednoczenia się przeciwko Hiszpanii.
W maju 1898 roku Emilio Aguinaldo wezwał Mabiniego, aby działał jako jego doradca. Mabini sformułował słynny dekret z 18 czerwca, który zreorganizował lokalny rząd pod filipińską kontrolą. Jego polityka podczas całej walki może być uosabiana przez stwierdzenie zawarte w tym dekrecie: „Pierwszym obowiązkiem rządu jest wierne interpretowanie woli ludu. „Mabini odegrał również zasadniczą rolę w nadzorowaniu właściwego wymiaru sprawiedliwości, wyborów delegatów do kongresu rewolucyjnego i ustanowienia samego mechanizmu rządu rewolucyjnego.
Kiedy kongres rewolucyjny został zwołany w Barasoain, Malolos, Bulacan, 15 września 1898 roku, Mabini sprzeciwił się planom bogatej burżuazji, aby opracować projekt konstytucji. Uważał, że biorąc pod uwagę nadzwyczajne warunki wojny, funkcją kongresu było po prostu doradzanie prezydentowi, a nie przygotowywanie projektu konstytucji. Pokonany przez większość, Mabini przedstawił swój własny plan konstytucyjny, oparty na Statutach Masonerii Powszechnej. Został on odrzucony na rzecz złożonego projektu przedłożonego przez Felipe G. Calderona, który stał się podstawą Konstytucji Malolos pierwszej Republiki Filipińskiej.
Konflikt Mabiniego ze spiskiem właścicieli nieruchomości i klasy posiadaczy ziemskich w kongresie doprowadził do jego zaćmienia w 1899 roku jako zaufanego doradcy Aguinaldo – jedynego kompetentnego myśliciela i teoretyka w gabinecie Aguinaldo. Mabini zdołał zdemaskować podstępny oportunizm kliki Paterno-Buencamino, która próbowała przejąć kontrolę nad transakcjami finansowymi rewolucyjnego rządu i czerpać z nich zyski. Kiedy obóz Aguinaldo uciekał przed nacierającymi siłami amerykańskimi, Mabini został schwytany 10 grudnia 1899 roku. Wciąż odmawiając złożenia przysięgi na wierność rządowi USA i nadal wspierając powstańców w ich walce ideologicznej, został deportowany na Guam w 1901 roku. Zmarł 13 maja 1903 roku.
Główne dzieło Mabiniego, La Revolution Filipina, rozsądna analiza i przekonywujące argumenty dotyczące ideologicznych implikacji rewolucji przeciwko Hiszpanii i oporu wobec amerykańskich najeźdźców, ujawnia postępowe i demokratyczne impulsy stojące za jego myśleniem. Zawsze starał się pośredniczyć między wolą ludu a decyzjami jego przywódców. Był bezinteresownym i oddanym patriotą.