Co to jest ascertainment bias i jak odnosi się do obliczania częstości SNP?
Ascertainment bias to termin w genetyce populacyjnej, który opisuje systematyczne odchylenia od oczekiwanego wyniku teoretycznego, które można przypisać procesom próbkowania stosowanym do znalezienia (ascertain) SNP i pomiaru (oszacowania) ich częstotliwości alleli specyficznych dla populacji.
Rozkład częstotliwości alleli SNP „pochodnych” waha się w naturze od 1/2N (tj, jeden zmutowany chromosom w całej puli genowej gatunku), do 2N-1/2N (tzn. tylko jeden chromosom pozostaje w puli genowej gatunku, aby reprezentować „przodkowy” stan alleliczny; wszystkie inne chromosomy mają allel pochodny). Rozkład ten jest jednak niedoskonale mierzony, gdy z populacji pobierane są skończone podpróbki. Im mniejsza jest skończona próbka użyta w naszym procesie wykrywania SNP (próbkowania), tym bardziej „niedoskonałe” jest dopasowanie pomiędzy rozkładem częstości alleli pochodnych a „prawdziwym” rozkładem w naturze. Oto wykres, który ilustruje tendencyjność:
Modyfikacja z Rys.2, Ref. (1).
Jeśli SNPs w dbSNP są stwierdzane w próbkach kilku chromosomów, to część tych SNPs będzie nadmiernie powszechna w populacji w stosunku do potencjalnie większych próbek tej samej sekwencji genomowej.
Weryfikacja eksperymentalna zwykle oznacza obserwację SNP w dodatkowych próbkach niezwiązanych z oryginalnym zestawem chromosomów badanych w celu określenia SNP. Dlatego też wspólne SNP będą „walidowane” z wyższą stawką niż SNP z naprawdę rzadkim mniejszym allelem, ponieważ większe próbki są potrzebne do odzyskania (a zatem potwierdzenia) rzadkiej zmiany. Ponieważ wszystkie próbki używane do stwierdzenia (odkrycia) SNP lub oszacowania ich częstotliwości alleli w określonych próbkach populacji mają skończony rozmiar, w każdej partii danych przekazanych do dbSNP wystąpi pewien rodzaj ascertainment bias.
.