Cytometria masowa
Cytometria masowa, lub CyTOF (Fluidigm), jest odmianą cytometrii przepływowej, w której przeciwciała są znakowane znacznikami jonów metali ciężkich, a nie fluorochromami. Odczyt odbywa się za pomocą spektrometrii masowej czasu przelotu. Pozwala to na łączenie wielu specyficzności przeciwciał w pojedynczych próbkach, bez znaczącego rozlewania się pomiędzy kanałami. Posiadamy standaryzowane panele do immunofenotypowania, fenotypowania+barwienia cytokin wewnątrzkomórkowych (ICS) oraz fenotypowania+fosfo-CyTOF, każdy z 30 do 38 przeciwciał. Skontaktuj się z [email protected], aby uzyskać szczegółowe informacje.
Immunofenotypowanie: Nasz panel immunofenotypowania CyTOF z 33 przeciwciałami jest przeznaczony do stosowania z kriokonserwowanymi PBMC, chociaż może być dostosowany do innych typów próbek. Ograniczona liczba dodatkowych przeciwciał może zostać dodana do otwartych kanałów, w zależności od dostępności.
Cytokiny wewnątrzkomórkowe: Nasz 38-przeciwciałowy panel CyTOF ICS jest ukierunkowany przede wszystkim na dysekcję odpowiedzi komórek T. Możliwe są ograniczone substytucje (z typowymi wymienionymi).
Fosfo-CyTOF: Nasz 30-przeciwciałowy panel fosfo-CyTOF może być używany ze wskazanymi bodźcami do odczytu szerokiej gamy szlaków sygnałowych w wielu różnych podzbiorach komórek. Dodawanie lub zastępowanie w tym panelu jest trudniejsze, ze względu na wymóg, aby przeciwciała markerów powierzchniowych działały dobrze na ustalone epitopy.
Zobacz listę standardowych przeciwciał w tych trzech panelach CyTOF tutaj. (poprawione w czerwcu 2018)
W celu obejrzenia wywiadu wideo z dr Mike’em Leipoldem na temat zagadnień eksperymentalnych CyTOF, patrz https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Instrukcje dla użytkowników
1. Planowanie badania: Testy CyTOF są przeprowadzane w partiach składających się z maksymalnie 12 próbek. Jeśli masz więcej próbek, postaraj się randomizować swoje partie tak, aby na przykład przypadki i kontrole nie były rozdzielone na osobne partie.
2. Pobieranie próbek: Proszę użyć zoptymalizowanego PROTOKOŁU KRYOPRESERWACJI dla żywych PBMC. Zalecamy zamrożenie 10^7 komórek w kriokomórce i dostarczenie jednej kriokomórki do każdego z powyższych badań. Usługi przetwarzania PBMC i kriokonserwacji są również dostępne za pośrednictwem naszego Działu Przetwarzania Krwi.
3. Pobieranie próbek: Przed pobraniem próbek wymagane jest złożenie zamówienia online. Czas realizacji zależy od wielkości projektu i bieżącego obciążenia pracą; mniejsze projekty mogą być zazwyczaj zakończone w ciągu 3-4 tygodni od złożenia zamówienia i dostarczenia próbki.
4. Analiza danych: Zapewniamy standardową analizę danych przy użyciu oprogramowania FlowJo. Raport Excel z procentowym udziałem wszystkich bramkowanych populacji, jak również pliki pdf z wynikami bramkowania i wszystkie pliki fcs są dostarczane za pośrednictwem Google Drive. W przypadku paneli standardowych dane w formacie Excel są jednocześnie przesyłane do naszej internetowej bazy danych Stanford Data Miner, gdzie mogą być zintegrowane z innymi danymi HIMC z Państwa laboratorium, a także z danymi klinicznymi/demograficznymi, jeśli zostały dostarczone. Kliknij na link pomocy w lewym górnym rogu strony głównej Data Miner, aby uzyskać instrukcje dotyczące korzystania z tego systemu.
Konsultacje statystyczne są dostępne za pośrednictwem HIMC Statistical Consulting Service.
Protokoły
Proszę zobaczyć naszą stronę Protokoły w celu uzyskania szczegółowych protokołów laboratoryjnych, jak również krótkich opisów odpowiednich do publikacji lub wniosków o granty.
Informacje dodatkowe:
- Mass Cytometry Review (Trends in Immunology)
- Analizowanie danych CyTOF w FlowJo
.