Czy chcesz zacząć wykorzystywać próbki krwi w swoich badaniach translacyjnych? Może interesuje Cię rak piersi z przerzutami lub niedrobnokomórkowy rak płuc. A może wyzwania i ograniczenia związane z próbkami guzów litych sprawiły, że pomyślałeś… nadszedł czas.
Co teraz?
Przyjrzyjrzyjmy się bliżej wydajności DNA i rzeczywistości pracy z bezkomórkowym DNA z osocza. Bezkomórkowe DNA (lub cfDNA) odnosi się do całego nie zamkniętego DNA w strumieniu krwi. Część tego bezkomórkowego DNA pochodzi z klonu guza i nazywana jest krążącym DNA guza (lub ctDNA). cfDNA to fragmenty kwasu nukleinowego, które dostają się do krwiobiegu podczas apoptozy lub martwicy. Normalnie fragmenty te są oczyszczane przez makrofagi, ale uważamy, że nadprodukcja komórek w raku pozostawia za sobą więcej cfDNA. Fragmenty te mają średnio około 170 zasad długości, ich okres półtrwania wynosi około dwóch godzin i są obecne zarówno we wczesnym, jak i późnym stadium choroby w wielu powszechnie występujących nowotworach, w tym niedrobnokomórkowych płuc i piersi. Stężenie cfDNA jest bardzo zróżnicowane i wynosi od 1 do 100 000 fragmentów na mililitr osocza.
Jeśli od jakiegoś czasu zajmujesz się sekwencjonowaniem następnej generacji, możesz chcieć wiedzieć o czułości i swoistości. Wykazaliśmy wysoką czułość i specyficzność dla wariantów o częstotliwości większej niż punkt jeden procent z 20 nanogramami wejściowego DNA, i większej niż punkt pięć procent z 5 nanogramami . Aby dowiedzieć się więcej na temat tego, jak to zrobić, sprawdź nasze wideo na temat testów cfDNA. Być może słyszeli Państwo o wykorzystaniu cfDNA do analiz przy granicy wykrywalności zero jeden procent. Chociaż istnieje technologia umożliwiająca osiągnięcie poziomu 0,01% (na przykład kropla cyfrowa), istnieje granica biologiczna, o której musimy porozmawiać.
Z 10 ml próbki krwi, przy użyciu zestawu Applied Biosystems MagMAX Cell-Free DNA Isolation Kit, uzyskujemy rutynowo około 20 nanogramów cfDNA, czyli około 6 użytecznych cząsteczek do analizy. Kilka szybkich obliczeń pokazuje, że przy 1% granicy wykrywalności możemy spodziewać się około 25 cząsteczek. Przy 0,1% spodziewamy się obecności tylko 2-3 cząsteczek. Oznacza to, że poniżej 0,1% mogą nie być obecne żadne cząsteczki do analizy. Należy również pamiętać, że stężenia cfDNA są bardzo zmienne. Mogą być bardzo niskie na krytycznych etapach, takich jak wczesny nawrót choroby lub rozwój oporności, na których obecnie skupia się wielu badaczy. Aby z powodzeniem wyizolować 20 nanogramów DNA z osocza krwi, dostępne są zarówno metody ręczne, jak i zautomatyzowane, w zależności od potrzeb w zakresie wydajności.
DNA w ręku, Twoje badania dyktują ścieżkę, którą należy obrać w tym momencie. Możesz wybrać cyfrową PCR do badań nad monitorowaniem nawrotów. Do badań nad wyborem terapii może być preferowany test sekwencjonowania następnej generacji. Niezależnie od tego, dokąd zaprowadzą Państwa badania nad płynną biopsją, możemy Państwu pomóc w ich realizacji dzięki kompletnym rozwiązaniom do analizy cfDNA, od zaledwie kilku celów po analizy wielogenowe.
Mam nadzieję, że przedstawiliśmy Państwu kilka kwestii do przemyślenia przy rozważaniu wykorzystania bezkomórkowego DNA w Państwa laboratorium. Jestem jednak pewna, że będziecie mieli jeszcze jakieś pytania. Wyślij swoje pytania na thermofisher.com/ask i zasubskrybuj nasz kanał, aby zobaczyć więcej filmów takich jak ten. I pamiętaj, kiedy masz wątpliwości, po prostu Seq It Out!