Pierwszą pracą Johnstone’a była współpraca z Noelem Murphy’m w 1968 roku, gdzie otrzymał swój pierwszy kredyt płytowy na albumie Another Round. Do 1969 roku Johnstone zapewnił sobie regularną pracę jako muzyk sesyjny, gdzie zaczął odkrywać różne gatunki muzyki i eksperymentować z różnymi instrumentami. W 1970 roku, kiedy Lyell Tranter (jeden z dwóch gitarzystów akustycznej brytyjskiej grupy folkowej Magna Carta) opuścił zespół, Johnstone zajął jego miejsce jako członek. Nagrał z nimi kilka albumów, począwszy od Seasons (1970) (1970), a następnie przyczynił się do powstania Songs from Wasties Orchard (1971) (nazwanego tak na cześć ulicy, przy której mieszkał w Long Hanborough, Oxfordshire) oraz albumu koncertowego In Concert.
Podczas współpracy z Magna Carta, Johnstone grał na wielu różnych instrumentach, w tym na gitarze, mandolinie, sitarze i cymbałach. W tym czasie zwrócił również uwagę producenta Gusa Dudgeona – Dudgeon poprosił Johnstone’a o zagranie na solowym albumie Berniego Taupina z 1971 roku, co zaowocowało spotkaniem z Eltonem Johnem i ostatecznie grą Johnstone’a na albumie Johna Madman Across the Water z 1971 roku, po której został zaproszony do zespołu Eltona Johna jako pełnoprawny członek. Wcześniej Elton John Band składał się z samego Johna, basisty Dee Murray’a i perkusisty Nigela Olssona.
Debiutanckim albumem Johnstone’a z Eltonem Johnem jako pełnoprawnym członkiem jego zespołu był Honky Chateau, na którym grał na gitarze elektrycznej i akustycznej, gitarze slide, banjo i mandolinie, a także śpiewał chórki obok Murray’a i Olssona.
W 1972 roku pracował z Joan Armatrading i Pam Nestor na ich wyprodukowanym przez Gusa Dudgeona debiutanckim albumie Whatever’s for Us, grając na gitarze akustycznej i elektrycznej w kilku utworach oraz na sitarze w piosence „Visionary Mountains”.
Johnstone wydał solowy album, Smiling Face, w 1973 roku przez The Rocket Record Company i stworzył krótkotrwały zespół o nazwie China, który wydał tytułowy album w 1977 roku.
Nawet grając u boku innych artystów, takich jak Stevie Nicks, Meat Loaf i Alice Cooper w późnych latach 70-tych i wczesnych 80-tych, Johnstone nigdy nie był bardzo daleko od projektów Eltona i, po ponownym połączeniu się z oryginalnymi kolegami z zespołu Nigelem Olssonem i Dee Murrayem w pełnym wymiarze czasu podczas trasy „Jump Up” w 1982 roku, rzadko był nieobecny na albumie lub trasie Eltona Johna.
W 1990 roku Johnstone po raz pierwszy współpracował z autorem tekstów Steve’em Trudellem. Mając już gotową muzykę i teksty, obaj założyli zespół Warpipes, w skład którego weszli byli i obecni członkowie zespołu Eltona Johna: Nigel Olsson na perkusji, Bob Birch na basie, Guy Babylon na klawiszach oraz Billy Trudel jako wokalista. W 1991 roku Warpipes wydali swój jedyny album, Holes in the Heavens, w wytwórni Artful Balance Records. Kiedy Artful Balance Records zakończyło swoją działalność, album został ponownie wydany przez Bridge Recordings. Tytuł albumu został zmieniony na po prostu „Warpipes”, a skład piosenek został nieco zmieniony.
W 1991 roku Johnstone wyprodukował Stormy Blue Addisona Steel’a, w którym grał na gitarze, mandolinie, sitarze i banjo oraz udzielał się wokalnie. Współproducent Guy Babylon dołączył z aranżacjami klawiszowymi, a perkusista Nigel Olsson i Billy Trudell dodali odpowiednio perkusję i wokal.
W 1996 roku Johnstone wydał instruktażowy film gitarowy zatytułowany Davey Johnstone: Star Licks Master Sessions dla Star Licks Productions, w którym gra szeroką gamę klasyków Johna, do których dołączyli Billy Trudel na wokalu i Bob Birch na basie.
W 1997 roku, będąc w trasie z Johnem, Johnstone i ówczesny kolega z zespołu Eltona Johna i były gitarzysta Hellecasters, John Jorgenson, spędzili większość wolnego czasu na tworzeniu Crop Circles, albumu z akustycznymi instrumentami wydanego w 1998 roku.
Dnia 10 czerwca 2009 roku Johnstone zagrał przełomowy 2000 koncert jako członek Elton John Band w SECC w Glasgow w Szkocji. Obecnie służy jako dyrektor muzyczny Johna, oprócz pracy na gitarze, grając razem z Nigelem Olssonem i Johnem Mahonem; występował również z Bobem Birchem przed śmiercią Bircha w sierpniu 2012 r.
W 2014 r. zagrał na „Belle Fleur” i „If You Were My Love” z albumu Stevie Nicks „24 Karat Gold: Songs from the Vault. Znał Nicks z czasów, gdy grał na gitarze na kilku utworach z jej albumu Bella Donna z 1981 r.
1 października 2019 r., Johnstone wykonał swój 3000. koncert z Eltonem Johnem na pierwszym z dwóch przystanków trasy Farewell Yellow Brick Road w SaskTel Centre w Saskatoon, Saskatchewan.
.