The Journal of Biomedical Informatics odzwierciedla zobowiązanie do wysokiej jakości oryginalnych prac badawczych, przeglądów i komentarzy w dziedzinie metodologii biomedycznych informatyki. Chociaż publikujemy artykuły motywowane zastosowaniami w naukach biomedycznych (np. medycyna kliniczna, opieka zdrowotna, zdrowie populacji i bioinformatyka translacyjna), czasopismo kładzie nacisk na doniesienia o nowych metodologiach i technikach, które mają ogólne zastosowanie i stanowią podstawę dla rozwijającej się nauki o informatyce biomedycznej. Artykuły na temat urządzeń medycznych; oceny wdrożonych systemów (w tym badań klinicznych technologii informacyjnych); lub prace, które zapewniają wgląd w proces biologiczny, konkretną chorobę, lub opcje leczenia będą generalnie bardziej odpowiednie do publikacji w innych miejscach. Prace na temat zastosowań przetwarzania sygnałów i analizy obrazu są często bardziej odpowiednie dla czasopism inżynierii biomedycznej lub innych czasopism informatycznych, chociaż publikujemy prace, które podkreślają zarządzanie informacjami i reprezentacji wiedzy / modelowania problemów, które pojawiają się w przechowywaniu i wykorzystaniu sygnałów biologicznych i obrazów. Opisy systemów są mile widziane, jeśli ilustrują i uzasadniają podstawową metodologię, która jest głównym przedmiotem raportu, oraz jeśli podjęto wysiłek w celu odniesienia się do możliwości generalizacji i/lub zakresu zastosowania tej metodologii. Należy również pamiętać, że biorąc pod uwagę międzynarodowy charakter JBI, prace, które dotyczą konkretnych języków innych niż angielski lub systemów opieki zdrowotnej lub podejść specyficznych dla danego kraju, są dopuszczalne dla JBI tylko wtedy, gdy oferują uogólniające lekcje, które są istotne dla szerokiego grona czytelników JBI, niezależnie od ich kraju, języka, kultury lub systemu opieki zdrowotnej.
Jakie prace są odpowiednie dla JBI?
Prace, które są odpowiedzią na potrzebę w medycynie, a nie tylko wygodnym zestawem danych do przeanalizowania przy użyciu nowatorskich metod, które mogłyby trafić do czasopisma inżynierskiego.
Zaangażowanie pracowników służby zdrowia w motywację do pracy i ocenę wyników jest zazwyczaj konieczne.
Zachęcamy autorów oryginalnych prac badawczych w JBI do opisywania pracy w następujący sposób:
„Miałem rzeczywisty problem biomedyczny, próbowałem istniejących technik, ale nie działały. Opracowałem więc nową metodologię i oceniłem jej adekwatność oraz porównałem ją z aktualnym stanem wiedzy w mojej domenie świata rzeczywistego. To skłoniło mnie do zastanowienia się, jakie inne problemy ta nowa metoda mogłaby pomóc rozwiązać. Odniosłem się do tego w Dyskusji i pokazałem, że mam nową ogólną metodologię, która nie jest specyficzna dla wąskiej domeny aplikacji.”
„Chociaż użyłem istniejących metod ML, stworzyłem i zwalidowałem 'metodę metod’, która wyjaśnia, jak zastosować istniejące metody do przestrzeni problemów biomedycznych, które mają unikalne cechy, które wpływają na wybór metod.”
Co to jest informatyka biomedyczna?
„Informatyka biomedyczna jest interdyscyplinarną dziedziną, która bada i dąży do efektywnego wykorzystania danych biomedycznych, informacji i wiedzy do badań naukowych, rozwiązywania problemów i podejmowania decyzji, motywowana wysiłkami na rzecz poprawy zdrowia ludzkiego.”
C A Kulikowski et al…, AMIA Board white paper: definition of biomedical informatics and specification of core competencies for graduate education in the discipline, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, no. 6, pp. 931-938, November 2012.
Jakie obszary informatyki biomedycznej są poza zakresem JBI?
Prace dotyczące przetwarzania sygnałów, obrazowania, urządzeń medycznych, sieci komunikacyjnych, bezpieczeństwa są zazwyczaj poza zakresem JBI; nawet prace dotyczące bioinformatyki/modelowania chorób mogą być poza zakresem. Aby być branym pod uwagę w JBI, wszystkie takie prace muszą wprowadzać nowe metody informatyczne, które opierają się na głębokim zrozumieniu i wykorzystaniu wiedzy z dziedziny medycyny i powinny być przekładalne na zastosowania medyczne. Przykłady prac, które nie będą pasować to te, które przewidują strukturę sekwencji DNA (nie translacyjne) lub prace modelujące przenoszenie chorób, które nie wykazują zrozumienia i wykorzystania epidemiologii chorób zakaźnych lub które nie mają zastosowania w praktyce.
Metody, które są przedmiotem JBI papiery mogą być pobierane z dowolnej liczby nauk składowych w dziedzinie informatyki biomedycznej. Chociaż metody są często związane z dziedziną informatyki, wiele prac JBI będzie podkreślać innowacyjne techniki z innych dziedzin, takich jak nauka o decyzji, statystyka, kognitywistyka, psychologia, nauka o informacji, teoria organizacji lub nauka o zarządzaniu.
Jeśli rozważasz swój artykuł bioinformatyczny do złożenia w JBI, proszę być świadomym tego metodologicznego skupienia. Biologiczne odkrycia oparte na wykorzystaniu rutynowych technik informatycznych mogą być ważnymi biologicznymi wkładami, ale nie są odpowiednie dla JBI. Ponadto należy pamiętać, że JBI publikuje prace bioinformatyczne tylko wtedy, gdy dotyczą one zagadnień związanych z nauką translacyjną (o człowieku). Zobacz artykuł Translational Bioinformatics, który porusza ten temat przed wysłaniem pracy.
Prace na temat prywatności lub bezpieczeństwa biomedycznego muszą również oferować nowe i praktyczne metodologie, które są wyraźnie motywowane przez wyzwania opieki zdrowotnej i biomedycyny. Uznana metoda z innej dziedziny nie gwarantuje publikacji w JBI tylko dlatego, że została zastosowana do problemu biomedycznego. Poszukujemy również prac, które opisują znaczące nowości metodologiczne, a nie małe przyrostowe ulepszenia wcześniej opublikowanych technik. Zobacz nasz artykuł o prywatności i bezpieczeństwie, aby uzyskać więcej szczegółów na temat naszych zasad dotyczących akceptowalnych prac w tym obszarze.
Prace są generalnie siedmiu typów:
1. Zwykłe prace badawcze: Prezentacja i omówienie biomedycznie lub klinicznie umotywowanego systemu lub podejścia, które wymagało raczej opracowania innowacyjnych metod niż zastosowania ustalonych technik. Motywujące zastosowania mogą być omówione, ale nowa metoda powinna być omówiona tak, aby uogólnienie było jasne, najlepiej z oceną zakresu jej zastosowania. Proszę wybrać typ artykułu „Research Paper” podczas procesu składania.
2. Metodologiczne prace przeglądowe: Przeglądy podejścia metodologicznego, które podsumowują jego wprowadzenie, zastosowanie, sukcesy i ograniczenia. Takie przeglądy będą również często proponować przyszłe kierunki badań lub krytykować metodę i omawiać zakres problemów, dla których może ona nie być odpowiednim rozwiązaniem. Należy pamiętać, że takie przeglądy powinny koncentrować się na metodzie lub podejściu, a nie na konkretnej dziedzinie zastosowania (np. unikaj nadsyłania przeglądów takich jak „Computers in Diabetes Management”). Proszę wybrać typ artykułu „Review article” podczas procesu składania zgłoszenia.
3. Komentarze: Są to artykuły, zazwyczaj krótsze niż prace badawcze, które mają tendencję do omawiania wcześniej opublikowanych artykułów lub tematu, który jest ważnym obszarem zainteresowania dla metodologicznych podstaw badań nad informatyką biomedyczną i jej zastosowaniem. Komentarze są często zapraszane, ale mogą być zgłaszane przez każdego po rozmowie z redakcją. Jeśli rozważane jest złożenie komentarza, prosimy o wcześniejsze przesłanie krótkiej propozycji na adres [email protected]. Jeśli złożenie komentarza zostało zamówione lub zatwierdzone przez redaktora, proszę wybrać typ artykułu „Discussions” podczas procesu składania i określić w liście przewodnim, że manuskrypt jest przeznaczony jako komentarz.
4. Komunikaty specjalne:Są to artykuły, które odnoszą się do kwestii szerokiego zainteresowania metodologicznie zorientowanej społeczności badawczej informatyki. Mogą one informować o wynikach warsztatów lub badań, ogólnie oferując lekcje lub wskazówki, które będą przydatne dla innych. Takie prace nie muszą informować o innowacyjnych nowych metodologiach informatycznych. Jeśli rozważane jest złożenie komunikatu specjalnego, prosimy o wcześniejsze przesłanie krótkiej propozycji na adres [email protected]. Jeśli złożenie Special Communication zostało zaakceptowane przez redaktora, prosimy o wybranie typu artykułu „Discussion” podczas procesu składania i określenie w liście przewodnim, że manuskrypt jest przeznaczony jako Special Communication.
5. Listy do redakcji: Listy mogą być składane i będą rozpatrywane do ewentualnej publikacji w czasopiśmie. Zazwyczaj są one komentarzem do wcześniej opublikowanej pracy. Prosimy o wybranie typu artykułu „Korespondencja” podczas procesu zgłaszania.
6. Recenzje książek: Redaktorzy będą od czasu do czasu identyfikować nową książkę, która może zainteresować czytelników JBI. Będą oni zapraszać osoby do pisania recenzji tych tomów, a takie zgłoszenia są tylko na zaproszenie. Niezamówione recenzje książek nie będą rozpatrywane. Proszę wybrać typ artykułu „Recenzja książki” podczas procesu przesyłania.
7. Artykuły redakcyjne: Redaktorzy lub osoby przez nich zaproszone będą od czasu do czasu publikować artykuły redakcyjne, ale niezamówione artykuły redakcyjne nie będą rozpatrywane. Please choose the article type „Editorial” during the submission process.
When an author is submitting a manuscript in response to a call for papers for a special thematic issue, the submission category should be the special issue title but the cover letter should indicate whether the article is a methodological review, a regular paper, or a commentary.
„Coraz trudniej jest publikować artykuły, które będą miały szerokie odwołanie do zróżnicowanej grupy czytelników. W związku z tym zdecydowaliśmy, że ważne jest, aby wprowadzić ściślejszy nacisk na czasopismo w nadchodzących latach, i to jest z tym w umyśle, że zmieniliśmy nazwę czasopisma, aby odzwierciedlić bardziej nowoczesny i wąski nacisk. Journal of Biomedical Informatics (JBI) ma być raczej uzupełnieniem niż konkurencją dla innych głównych czasopism z dziedziny informatyki biomedycznej. W szczególności chcemy podkreślić prace, które wyjaśniają metodologie, które uogólniają się w domenach biomedycznych i które pomagają w tworzeniu podstaw naukowych dla pola. Papers będą miały tendencję do być związane z technologii informacyjnej, a nie urządzeń medycznych, a na podstawowych metod raczej niż opisy systemów lub oceny sumaryczne. Należy oczekiwać, że to czasopismo będzie doskonałym źródłem nowych pomysłów, jak radzić sobie z trudnymi problemami, które pojawiają się w rozwoju rozwiązań obliczeniowych dla problemów w naukach biomedycznych i praktyce klinicznej.”
Po prawie dwóch dekadach publikacji pod tytułem JBI, jesteśmy zadowoleni z sukcesu czasopisma. Ma reputację doskonałości i rygoru i mamy nadzieję, że nasi czytelnicy i opublikowani autorzy są pod podobnym wrażeniem jakości zarówno pracy, jak i pisma, które przyciągnęliśmy do tych stron.
JBI stara się publikować prace, które wnoszą konceptualny wkład do dziedziny, zazwyczaj poprzez opisanie innowacji w metodologii lub technice lub poprzez omówienie istotnych uogólniających lekcji, które zostały wyciągnięte w kontekście interesującego projektu informatycznego. Kiedy wkład ma podstawy teoretyczne, teoria jest odpowiednim akcentem dla ekspozycji, jak również. Z naszego doświadczenia wynika, że wiele projektów badawczych, które zaczynają się jako wysiłki aplikacyjne, skutkują innowacjami metodologicznymi, które, odpowiednio opisane, przyczyniają się do rozwoju bazy naukowej naszej dyscypliny. Dlatego nie zniechęcamy do składania prac, które omawiają interesujące zastosowania, ale raczej zachęcamy do spojrzenia na to, jak najlepiej pisać i dzielić się uogólniającymi spostrzeżeniami metodologicznymi, które wywodzą się z pracy stosowanej i z których inni mogą skorzystać. Wierzymy, że takie prace tworzą rdzeń informatyki biomedycznej jako nauki.
Powody zwrotu prac bez recenzji były pięć głównych. Prawdopodobnie najczęstszy z nich występuje wtedy, gdy praca jest przede wszystkim opisem aplikacji informatycznej lub jej oceną. Nowy system kliniczny, który rozwiązuje ważny problem kliniczny, ale nie oferuje nowej metodologii, byłby bardziej odpowiedni dla innego czasopisma, albo w informatyce stosowanej, albo w klinicznej domenie aplikacji. Podobnie, badania ankietowe lub analizy potrzeb użytkowników są prawdopodobnie odpowiednie dla JBI tylko wtedy, gdy przyczyniają się do nowych metod wykonywania takich badań lub analiz, lub nowego wglądu w zachowania użytkowników, kognitywistyki lub interakcji człowiek-komputer.
Drugi powód zwrotu prac bez recenzji występuje, gdy praca nie dotyczy podstawowych pojęć informatyki zarządzania informacją i wiedzą. Najczęściej ma to miejsce, gdy praca przedstawia nowe urządzenie medyczne lub podejście do przetwarzania sygnałów biomedycznych lub obrazów, zwłaszcza gdy nacisk kładziony jest na metody numeryczne lub monitorowanie fizjologiczne, a nie na przetwarzanie informacji i zarządzanie lub podejścia oparte na wiedzy. Takie prace zazwyczaj odsyłamy do czasopism z zakresu inżynierii biomedycznej lub do czasopism klinicznych z dziedziny zastosowania (np, czasopismo kardiologiczne dla nowych podejść do analizy elektrokardiogramu, lub czasopismo obrazowania dla nowego matematycznego podejścia do segmentacji lub innych aspektów analizy obrazu).
Po trzecie, ponieważ dziedzina informatyki biomedycznej jest motywowana we wszystkich zastosowaniach, aby mieć pozytywny wpływ na ludzkie zdrowie lub leczenie ludzkich chorób, prace bioinformatyczne składane do JBI powinny być w obszarze bioinformatyki translacyjnej (TBI). Rutynowo odrzucamy prace bez recenzji, jeśli dotyczą one podstawowych rozwiązań bioinformatycznych, które mają szerokie zastosowanie (np. metody analityczne dla mikromacierzy), ale nie są motywowane zdrowiem lub chorobą człowieka. W związku z tym nie publikujemy prac, które dotyczą bioinformatyki roślin lub zwierząt lub metod genomiki specjalnie do wykorzystania w rolnictwie lub zoologii.
Po czwarte, używamy oprogramowania wspomagającego do oceny każdego zgłoszenia do JBI, patrząc, czy istnieją dowody na znaczące ponowne wykorzystanie tekstu z innych opublikowanych artykułów. W niektórych przypadkach, wcześniejsze publikacje nie są nawet cytowane w nowej pracy. Niezależnie od tego, czy autorzy manuskryptu są również autorami pracy, z której tekst został ponownie wykorzystany, generalnie odmawiamy recenzowania prac, które w znacznym stopniu pokrywają się z innymi publikacjami. Takie praktyki nie tylko prowadzą do podejrzeń o plagiat (lub autoplagiat), ale także budzą wątpliwości co do nowatorstwa pracy przedstawionej w nowym manuskrypcie. Oczekujemy, że wszystkie prace będą pisane de novo i prosimy, aby manuskrypty (i list przewodni) jasno określały, w jaki sposób nowa praca opiera się na, ulepsza lub przewyższa możliwości wcześniej opublikowanej pracy.
Finally, chociaż JBI jest międzynarodowym czasopismem i rozumiemy wyzwania, które autorzy napotykają, gdy angielski nie jest ich językiem ojczystym, niektóre prace mają tak poważne problemy z ich ekspozycją w języku angielskim, że odrzucamy je lub zwracamy je do korekty, sugerując zaangażowanie redaktora lub współautora, który jest ekspertem w języku angielskim, zanim papier może być oceniony jako odpowiedni do wejścia w proces recenzji naukowej. Drobne problemy językowe mogą być skorygowane w procesie redakcyjnym, ale poważniejsze problemy uniemożliwiają właściwą ocenę wkładu naukowego.
Z tych prac, które przeszły do recenzji, nasz ostateczny wskaźnik akceptacji wynosi obecnie około 25%. Każda opublikowana praca została zaakceptowana dopiero po znaczących korektach, więc autorzy nie powinni być zaskoczeni, gdy korekty są wymagane, zanim praca jest gotowa do publikacji. Wierzymy jednak, że rygor, który wprowadziliśmy do procesu recenzji i korekty, zaowocował lepszym, bardziej użytecznym naukowo produktem. Na przykład, niepotwierdzone informacje zwrotne, jak również dane dotyczące cytowań i pobrań, sugerują, że przeglądy metodologiczne zawarte w prawie każdym wydaniu były szeroko wykorzystywane do celów edukacyjnych i badawczych.
W każdym roku od przejścia z CBR do JBI otrzymywaliśmy coraz większą liczbę złożonych prac. W naszym pierwszym roku otrzymaliśmy około 100 manuskryptów, ale teraz otrzymujemy dobrze ponad 800 papierów rocznie. W rezultacie, czasopismo zwiększyło swój rozmiar, z większą liczbą artykułów w każdym numerze. Poświęcamy również dwa lub trzy numery rocznie na specjalne tematy metodologiczne nadzorowane przez redaktorów gościnnych, którzy proponują nam takie numery specjalne. Zaakceptowane prace są natychmiast udostępniane online i indeksowane w Medline. Wkrótce potem ukazują się one w skompilowanym „wirtualnym” wydaniu na ScienceDirect. Od 2016 r. zaprzestaliśmy wydawania drukowanej wersji JBI, przekonawszy się, że przeważająca większość osób ma dostęp do czasopisma przez Internet i ScienceDirect. Twarde kopie pełnych wydań są dostępne w Elsevier poprzez usługi Print on Demand. Prace mogą być publikowane w otwartym dostępie (open-access) za opłatą wnoszoną przez autorów, ale w przeciwnym razie są dostępne tylko dla subskrybentów przez pierwsze 12 miesięcy po publikacji. Po tym czasie są one udostępniane bezpłatnie w otwartym archiwum ScienceDirect. Ponieważ czasopismo jest wydawane tylko online, nie ma ograniczeń ani opłat dotyczących użycia koloru na rycinach lub fotografiach w nadesłanych manuskryptach.
Zachęcamy do składania swoich najlepszych prac metodologicznych do JBI. Należy pamiętać, że zapewniamy możliwość dogłębnej dyskusji na temat innowacyjnego podejścia, ocenianego przez naszych recenzentów, jak również redaktorów, i uniknęliśmy arbitralnego ograniczenia liczby słów lub innych metryk dotyczących długości poszczególnych artykułów. Zachęcamy również do publikowania artykułów opisujących prace doktorskie i podkreślamy, że obszerne przeglądy tematyczne podejmowane w pracach dyplomowych często mogą być zaadaptowane do stworzenia metodologicznego artykułu przeglądowego, który jest odpowiedni dla JBI. Czasopismo nie pobiera opłat za strony i może zawierać elementy multimedialne dla artykułów w środowisku online.
Informatyka biomedyczna jest rozwijającą się dziedziną, z ważnymi zastosowaniami i implikacjami w całym świecie biomedycznym i klinicznym. Jesteśmy chętni, aby społeczność badawcza konsekwentnie identyfikowała JBI jako czasopismo, które najlepiej definiuje bazę naukową dla tej dziedziny. W związku z tym zapraszamy zarówno do współpracy, jak i do lektury.
Mor Peleg
Editor-in-Chief
Hide full Aims & Scope