W 1831 r. ks. Patrick O’Kelly przybył, aby służyć irlandzkim osadnikom w rejonie Washtenaw. Pierwsza Msza św. w Ann Arbor została odprawiona w prywatnym domu 12 lipca 1835 r. W tym samym roku rozpoczęto starania o wybudowanie stałego kościoła. Jego następca, Fr. Thomas Cullen, zakupił ziemię przy East Kingsley Street w pobliżu Division Street w 1842 roku, i na tej ziemi został zbudowany pierwszy kościół – pierwszy murowany kościół w Ann Arbor. Nie został on poświęcony aż do 1845 roku, ponieważ biskup Lefevre nie poświęcał kościołów dopóki nie były wolne od długów.
Cmentarz kościelny, przy North Main Street, został nabyty w 1843 roku, ale nie został poświęcony aż do 1878 roku. W 1868 roku parafia nabyła byłą szkołę publiczną w dół ulicy i otworzyła swoją szkołę parafialną, St. Thomas the Apostle School, która obchodziła swoją sesquicentennial w 2018 roku.
Fr. Edward D. Kelly został proboszczem w 1891 roku i stwierdził, że istniejący kościół jest nieodpowiedni do potrzeb parafii. W 1896 roku rozpoczął zbieranie funduszy na budowę obecnego kościoła, który został poświęcony w 1899 roku i ukończony w 1905 roku. W 1902 roku ukończono budowę plebanii z żółtej cegły, a w 1911 roku klasztoru Sióstr Niepokalanego Serca Maryi przy ulicy Elizabeth. Przez lata parafia sponsorowała pierwszy szpital w Ann Arbor, jak również dwie inne parafie katolickie.
W 1977 roku, klasy od 9 do 12 zostały oddzielone od St. Thomas the Apostle School i stały się Father Gabriel Richard Catholic High School, niezależną instytucją. która przeniosła się do nowego kampusu w 2003 roku.