W końcu XIII wieku pojawiły się konfederacje miast, mające na celu wspieranie bezpieczeństwa publicznego i ochronę przed szalejącym bandytyzmem, a pierwszą konfederacją była konfederacja kilku miast (Poznań, Pyzdry, Gniezno i Kalisz w Wielkopolsce) w 1298 roku. W połowie XIV w. pojawiły się konfederacje szlacheckie skierowane przeciwko władzy centralnej, pierwszą taką konfederacją była konfederacja z 1352 r. W czasie bezkrólewi zawiązywały się konfederacje (w zasadzie komisje czuwające), które zastępowały nieczynny dwór królewski, strzegły porządku wewnętrznego i broniły kraju przed zagrożeniami zewnętrznymi. Konfederacje, jako prawo rewolucji, zostały uznane w prawie polskim przez artykuły henrykowskie (1573), będące częścią pacta conventa zaprzysięganego przez każdego króla polskiego od 1576 roku. Stanowiły one (w articulus de non praestanda oboedientia, przepis pochodzący z 1501 roku z przywileju mielnickiego), że jeśli monarcha nie uznaje lub nadużywa praw i przywilejów szlacheckich (szlachty), szlachta nie jest już zobowiązana do posłuszeństwa i ma prawne prawo do nieposłuszeństwa.
Z początkiem XVII wieku konfederacje stawały się coraz bardziej znaczącym elementem sceny politycznej Rzeczypospolitej. W XVII i XVIII wieku konfederacje były organizowane przez magnatów i miały charakter pro- lub antykrólewski. Konfederacja nie uznana przez króla była uznawana za rokosz, choć niektóre z rokoszy były ostatecznie uznawane przez króla, który mógł nawet sam do nich przystąpić. Konfederacje prokrólewskie zawiązywano najczęściej w odpowiedzi na konfederację antykrólewską, a niektóre przybierały formę sejmu nadzwyczajnego, jak to miało miejsce w 1710, 1717 i 1735 r.
Konfederacje zawiązywane były zwykle w jednej części kraju i mogły się rozszerzać w „konfederacje generalne” obejmujące większość lub wszystkie województwa Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Jednak nawet takie konfederacje generalne zawiązywane były oddzielnie dla Korony Królestwa Polskiego i dla Wielkiego Księstwa Litewskiego.
Każda konfederacja posiadała kluczowy dokument określający jej cele, zwany aktem konfederacji, który był składany w sądzie (zwykle lokalnym dla regionu, w którym zawiązano konfederację). W sądzie składano także dodatkowe uchwały konfederatów, zwane sanctia. Członkostwo w konfederacji było dobrowolne i wymagało złożenia przysięgi. Na czele władzy wykonawczej konfederacji stał marszałek oraz grupa doradców, zwanych konsyliarzami konfederacji. Marszałek i związani z nim konsyliarze stanowili tzw. generalstwo (generalność). Konfederacja posiadała również większą radę, podobną do sejmu (walna rada), która podejmowała decyzje większością głosów. Mniej więcej do połowy XVIII wieku uchwały rady musiały być jednomyślne, później jednak upowszechniło się głosowanie większościowe. Naczelni dowódcy wojskowi konfederacji zwani byli regimentarzami.
W XVIII wieku rozwinęła się również instytucja zwana „sejmem konfederackim”. Był to sejm działający na zasadach konfederacji. Jego głównym celem było uniknięcie zakłóceń przez liberum veto, w przeciwieństwie do sejmu krajowego, który w tym okresie był sparaliżowany przez veto. Zdarzało się, że z całego składu sejmu krajowego zawiązywano skonfederowany sejm, aby liberum veto na nim nie działało.
Konfederacje zostały zdelegalizowane ustawowo w 1717 r., ale nadal funkcjonowały, co wskazywało na słabość centralnej władzy Rzeczypospolitej. Zniosła je także Konstytucja 3 maja 1791 r. (uchwalona przez Sejm Czteroletni 1788-1792, który sam był sejmem skonfederowanym). W praktyce jednak zakaz ten nie był przestrzegany. Konstytucja 3 Maja została obalona w połowie 1792 r. przez konfederację targowicką polskich magnatów wspieranych przez Imperium Rosyjskie, do której ostatecznie, pod ogromnym przymusem, przystąpił król Stanisław II August. Interwencja rosyjska doprowadziła (ku zaskoczeniu konfederatów) do II rozbioru Polski w 1793 roku. W 1812 roku w Warszawie zawiązała się Konfederacja Generalna Królestwa Polskiego na kampanię Napoleona I przeciwko Imperium Rosyjskiemu.