W wyniku tego zwycięstwa Sparta pokonała Ateńczyków i w ten sposób podjęła próbę wyrzeźbienia własnego imperium na Morzu Egejskim. Jej stosunki z Persją pogorszyły się i zaczęła napadać na satrapie Pharnabazusa i Tissaphernesa w Anatolii. Do 397 r. p.n.e. Farnabazus przekonał króla perskiego Artakserksesa, by prowadzić wojnę morską, i zebrał flotę złożoną z 300 fenickich i cypryjskich okrętów. W samej liczbie byłyby one przytłaczające, ale potrzebowały doświadczonego dowódcy, więc znalazły na Cyprze Konona, który był aż nadto zadowolony z szansy zemsty na Peloponezyjczykach.
Najpierw Konon ruszył do Carii z niewielką częścią floty, gdzie przez pewien czas był blokowany, ale potem został uratowany przez Farnabazosa i Tissaphernesa. Następnie udał się na Rodos, gdzie pro-spartańska oligarchia została zastąpiona demokracją, i udało mu się przechwycić zapasy żywności wysyłane z Egiptu. W odpowiedzi na to Spartanie postanowili wysłać swoją flotę, ale popełnili błąd, powierzając ją Peisanderowi, który nie miał żadnego doświadczenia. Bitwa rozegrała się pod Cnidus w 394 roku p.n.e. i zakończyła się łatwym i przytłaczającym sukcesem Persów. Miasta egejskie wypędziły spartańskie garnizony i przyjęły perskie rządy.
Po tym sukcesie Konon uznał, że może bezpiecznie wrócić do Aten. Pharnabazus pozwolił mu zatrzymać część floty, a także dostarczył pieniędzy na ufortyfikowanie Pireusu i odbudowę długich murów łączących go z Atenami. Działania te oznaczały, że niektóre z głównych rezultatów wojny peloponeskiej zostały zniweczone – Ateny odzyskały pozycję głównej potęgi w Grecji i choć nadal traciły swoje imperium, Sparta nie mogła go przejąć.
W następnym roku Spartanie rozpoczęli negocjacje z Persami i w celu zabezpieczenia swojej pozycji w Grecji zaoferowali przekazanie im wszystkich miast w Anatolii. Ateńczycy wysłali delegatów (w tym Konona), by ogłosić, że jest to nie do przyjęcia, co Tiribazus zrozumiał jako nadzieję na odzyskanie imperium i oburzony tym zwrotem akcji wtrącił ich do więzienia, a wśród nich Konona. Starożytni pisarze podają sprzeczne relacje na temat jego końca: niektórzy twierdzą, że został wysłany w głąb Azji i skazany na śmierć; inne relacje, prawdopodobnie bardziej prawdopodobne, podają, że wycofał się na Cypr i tam zmarł. Jego syn Timotheus został później kolejnym wybitnym generałem.