Najstarsze znane formy izolacji to te, o których wspomina się w Pięcioksięgu (Biblii) ponad 3400 lat temu, zwłaszcza w przypadku trądu. Hipokrates i Galen w V w. p.n.e. zalecali „Cito, Longe, Tarde”, co oznacza „idź szybko, idź daleko i spóźnij się z powrotem”.
Od XIII i XIV w. rozwijały się formy izolacji. Zakażone osoby były oddzielone, aby zapobiec rozprzestrzenianiu się choroby wśród starożytnych Izraelitów w ramach prawa mojżeszowego, jak ustanowiono w Starym Testamencie.
Wenecja przejęła inicjatywę w środkach sanitarnych w celu kontroli rozprzestrzeniania się dżumy, po mianowaniu trzech strażników zdrowia publicznego w pierwszych latach Czarnej Śmierci (1348). Słowo „kwarantanna” pochodzi od włoskiego wyrażenia quaranta giorni, co oznacza „czterdzieści dni”. Jego użycie na statkach zdeterminowało jego nazwę, choć nie jest ona oparta na naukowym uzasadnieniu. Dla większości chorób okres inkubacji jest krótszy niż czterdzieści dni z nielicznymi wyjątkami, takimi jak mononukleoza zakaźna czy Kuru.
W obecnych czasach obawa przed skażeniem po powrocie z Księżyca (skażenie międzyplanetarne) była głównym powodem procedur kwarantanny przyjętych dla pierwszego programu misji Programu Apollo. Astronauci i próbki księżycowe zostały poddane kwarantannie w Lunar Receiving Laboratory. Podobnie w przypadku próbek z przyszłej misji powrotu na Marsa, istnieje protokół kwarantanny dla wszelkich próbek z Marsa, która byłaby przeprowadzana w laboratorium 4 poziomu bezpieczeństwa biologicznego, znanym jako Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).
.