SRA

Submission Details

Register a study and subjects with dbGaP

An interactive overview of dbGaP submission can be found here.

The dbGaP submission documentation package can be downloaded [here.

Wszystkie pytania dotyczące tego etapu składania wniosków należy kierować na adres [email protected].

SRA: Submit sequencing metadata to SRA Curator

Skontaktuj się z personelem SRA pod adresem [email protected] i podaj przystąpienie do badania (phs######) w temacie wiadomości (pomoże to w przypisaniu sprawy do właściwej osoby), a SRA dostarczy arkusz metadanych sekwencjonowania do wypełnienia i odesłania.

Kolumna próbki w arkuszu metadanych sekwencjonowania będzie wstępnie wypełniona identyfikatorami dbGaP (przystąpienie do badania i identyfikatory próbki dbGaP). Należy uzupełnić arkusz o wymagane szczegóły techniczne oraz nazwy i sumy kontrolne MD5 plików sekwencji, które będą przesyłane

Proszę pamiętać, że każdy library_id musi być unikalny, tytuł powinien umożliwiać użytkownikom identyfikację i rozróżnienie sekwencji, a opis projektu powinien być krótkim (1 do 3 zdań) materiałem i metodami opisującymi, jak biblioteka została przygotowana i zsekwencjonowana. Dodatkowe instrukcje i opisy znajdują się w arkuszu kalkulacyjnym. Proszę dostarczyć opis projektu jako tekst jednowierszowy bez znaków nowych linii lub znaków specjalnych.

SRA: Prześlij pliki sekwencji na chronione konto SRA

Kurator SRA pomoże w przesłaniu plików po wypełnieniu i odesłaniu arkusza metadanych sekwencjonowania.

Prześlij pliki danych tylko na konto przesłania dostarczone Ci po wypełnieniu arkusza metadanych.

Będziesz musiał:

1. Generate an ssh key-pair.
2. Provide the public key file (for example, *.pub) to NCBI.
3. Use ascp to transfer files.

Submitters must use the command-line program ascp from Aspera to transmit of data files. Program ascp jest spakowany z Aspera Connect, który jest dostępny na stronie pobierania tutaj: Aspera Connect Downloads.

Ten program jest bezpłatny do użytku dla submiterów przesyłających dane do i z NCBI. Sprawdź z lokalnym zespołem sieciowym, aby upewnić się, że transfer UDP jest włączony dla następującego zakresu IP: 130.14.\*.\* i 165.112.\*.\*. Zapora ogniowa musi również zezwalać na ruch ssh wychodzący do NCBI.

Pary kluczy Aspera

Przedsiębiorcy będą musieli wygenerować pary kluczy, aby korzystać z konta przesyłania Aspera (zobacz poniższe instrukcje dotyczące tworzenia pary kluczy na różnych systemach operacyjnych).

Wyślij tylko klucz publiczny do kuratora SRA aktualnie pomagającego w uzyskaniu dostępu do konta przesyłania [email protected].

Linux/Unix i OS X

Użytkownicy systemów Linux/Unix i OS X mogą użyć narzędzia ssh-keygen z wiersza poleceń.

Następująca linia poleceń tworzy klucz prywatny (mykey) i klucz publiczny (mykey.pub) w bieżącym katalogu roboczym:

PuTTYgen dla Windows

Instrukcje dotyczące pobierania i używania PuTTYgen do generowania par kluczy można znaleźć w bardziej szczegółowym przewodniku tutaj: Aspera Keys.

Używanie linii poleceń Aspera

Po dodaniu twojego klucza i przyznaniu ci dostępu możesz przesłać swoje pliki przez ascp.

Przykładowe polecenie ascpdla przesyłania plików dbGaP:

Gdzie:

• <directory>jest albo test albo protected.
• <key file> jest plikiem klucza prywatnego (należy użyć pełnej nazwy ścieżki).

Nie należy ustawiać opcji -T dla transferów chronionych.

Potwierdzenie odbioru danych

Po przesłaniu wszystkich plików i metadanych należy potwierdzić u kuratora SRA, że część SRA dotycząca przesłania dbGAP jest kompletna. Kurator może dostarczyć raport o plikach, które zostały załadowane. Na stronie dbGaP dostępny jest również raport nocny według próbek. Zmień akcesję phs000000 w adresie poniżej na swoje badanie, aby uzyskać raport. Dla raportu w formacie XML zmień rettype=html na rettype=xml.

.