Syntaza cytrynianowa

.

articles

articles

białka

MechanismEdit

Syntaza cytrynianowa posiada trzy kluczowe aminokwasy w swoim miejscu aktywnym (znane jako triada katalityczna), które katalizują konwersję acetylo-CoA i oxaloacetate do cytrynianu i H-SCoA w reakcji kondensacji aldolowej. Konwersja ta rozpoczyna się od ujemnie naładowanego atomu tlenu karboksylanowego łańcucha bocznego Asp-375 deprotonującego atom węgla alfa acetylo-CoA, tworząc anion enolanowy, który z kolei jest neutralizowany przez protonację przez His-274, tworząc enolowy intermediat. W tym momencie, epsilon azotu samotna para elektronów na His-274 utworzony w ostatnim kroku abstrahuje proton hydroksylowy enol do reformy anionu enolanowego, który inicjuje atak nukleofilowy na węgiel karbonylowy oxaloacetate, który z kolei deprotonuje epsilon azotu atom His-320. Ta nukleofilowa addycja prowadzi do powstania cytroilo-CoA . W tym momencie cząsteczka wody zostaje zdeprotonowana przez atom azotu epsilon His-320 i rozpoczyna się hydroliza. Jedna z par samotnych tlenu atakuje nukleofilowo węgiel karbonylowy cytroilo-CoA. Tworzy to tetraedryczny intermediat i prowadzi do wyrzucenia -SCoA jako reformy karbonylowej. -SCoA jest protonowany, tworząc HSCoA. Wreszcie, hydroksyl dodany do karbonylu w poprzednim kroku jest deprotonowany i powstaje cytrynian.

Mechanizm działania syntazy cytrynianowej (w tym reszty biorące udział)

InhibicjaEdit

Enzym jest hamowany przez wysokie stosunki ATP:ADP i NADH:NAD, ponieważ wysokie stężenia ATP i NADH wskazują, że zaopatrzenie komórki w energię jest wysokie. Jest również hamowany przez sukcynylo-CoA i propionyl-CoA, który przypomina acetylo-CoA i działa jako inhibitor kompetycyjny w stosunku do acetylo-CoA i niekompetycyjny w stosunku do oksalooctanu. Cytrynian hamuje reakcję i jest przykładem inhibicji produktu.Hamowanie syntazy cytrynianowej przez analogi acetylo-CoA zostało również dobrze udokumentowane i zostało wykorzystane do udowodnienia istnienia pojedynczego miejsca aktywnego. Eksperymenty te ujawniły, że to pojedyncze miejsce zmienia się między dwiema formami, które uczestniczą odpowiednio w aktywności ligazy i hydrolazy. Białko to może wykorzystywać morfeinowy model regulacji allosterycznej.