Powstanie systemu
Przodkowie Tokugawy Ieyasu, założyciela Edo bakufu, byli Matsudaira, rodziną daimyo z górskiego regionu Sengoku w prowincji Mikawa (w obecnej prefekturze Aichi), która zbudowała swoją bazę jako daimyo, wkraczając na równiny Mikawy. Kiedy jednak zostali zaatakowani i pokonani przez potężny ród Oda z zachodu, ojciec Ieyasu, Hirotada, został zabity. Wcześniej Ieyasu został wysłany do rodu Imagawa jako zakładnik, by scementować sojusz, ale po drodze został pojmany przez rodzinę Oda. Po śmierci ojca Ieyasu został wysłany do rodziny Imagawa i spędził tam 12 lat w areszcie. Gdy w 1560 r. Oda Nobunaga zniszczył rodzinę Imagawa w bitwie pod Okehazamą, co zapoczątkowało jego dążenie do zjednoczenia, Ieyasu został w końcu uwolniony. Ieyasu powrócił do Okazaki w Mikawie i przejął kontrolę nad tą prowincją. Jako sojusznik Ody, strzegł tyłów przed atakiem na Kyōto, a następnie prowadził własne kampanie wojskowe, posuwając się stale na wschód. W 1582 r. był już potężnym daimyo, posiadającym, oprócz swojej rodzinnej prowincji Mikawa, cztery prowincje: Suruga i Tōtōmi (współczesna prefektura Shizuoka), Kai (prefektura Yamanashi) oraz południowe Shinano (prefektura Nagano).
Gdy Hideyoshi przejął władzę, Ieyasu początkowo mu się sprzeciwił. Potem jednak podporządkował się i, wyrastając na najpotężniejszego daimyo wśród wasali Hideyoshiego, został szefem pięciu tairō (starszych ministrów), najwyższych urzędników reżimu Hideyoshiego. Po śmierci Hideyoshiego wśród daimyo nastąpił podział na zwolenników Hideyoriego i zwolenników Ieyasu. Sprawy nabrały tempa w bitwie pod Sekigaharą w 1600 r., w której Ieyasu odniósł decydujące zwycięstwo i ustanowił swoją narodową supremację. Ieyasu widział, że zarówno Nobunaga, jak i Hideyoshi nie zdołali umocnić trwałego reżimu, i w 1603 r. ustanowił bakufu Edo (bardziej znane jako szogunat Tokugawa), by zalegalizować swoją pozycję. Przyjmując tytuł szoguna, sprawował w tym czasie silną kontrolę nad pozostałymi daimyo. Pod pretekstem przyznania nagród po Sekigaharze, wywłaszczył, zredukował lub przeniósł dużą liczbę daimyo, którzy mu się sprzeciwiali. Skonfiskowane ziemie albo przekazał krewnym i lennikom rodu Tokugawa, aby ustanowić ich daimyo i powiększyć ich majątki, albo zarezerwował je jako domeny rodu Tokugawa. Ponadto syn i spadkobierca Hideyoshiego, Hideyori, został zredukowany do pozycji daimyo okręgu Kinki (Ōsaka). Dwa lata po ustanowieniu bakufu Ieyasu zrzekł się stanowiska szoguna na rzecz swojego syna Hidetady, przenosząc się na emeryturę do Sumpu (współczesne miasto Shizuoka), by poświęcić się umacnianiu fundamentów bakufu. W 1615 r. Ieyasu szturmuje i zdobywa zamek Ōsaka, niszcząc Hideyori i rodzinę Toyotomi. Natychmiast potem ogłoszono Prawa dla Domów Wojskowych (Buke Shohatto) oraz Prawa dla Urzędników Cesarskich i Dworskich (Kinchū Narabi ni Kuge Shohatto), które stały się podstawą prawną kontroli bakufu nad daimyo i dworem cesarskim. W 1616 roku Ieyasu zmarł, sukcesja została już ustalona.
Orion Press, Tokio
Pod rządami drugiego i trzeciego szoguna, Hidetady i jego następcy, Iemitsu, polityka kontroli bakufu posuwała się naprzód aż do momentu, gdy system bakuhan – system rządów szogunatu Tokugawa; dosłownie połączenie bakufu i han (domena daimyo) – osiągnął swoje zakończenie. W wyniku reorganizacji w latach 1633-42 władza wykonawcza rządu bakufu była prawie ukończona, reprezentowana przez urzędy starszych radców (rōjū), młodszych radców (wakadoshiyori) i trzech komisarzy (bugyō) do spraw świątyń i sanktuariów w kraju, stolicy szoguna i skarbca bakufu. Kontynuowano konfiskaty i redukcje domen, a także szeroko zakrojone transfery daimyo, rozdzielając strategiczne dystrykty Kantō, Kinki i Tōkaidō pomiędzy daimyo, którzy byli krewnymi i stronnikami bakufu, utrzymując w ten sposób w ryzach „zewnętrznych” (tozama) panów. Wraz z reorganizacją daimyo, ziemie pod bezpośrednią kontrolą bakufu zostały powiększone w kluczowych punktach całego kraju. Najważniejsze miasta – Kyōto, Ōsaka i Nagasaki- oraz kopalnie (zwłaszcza wyspa Sado) również znalazły się pod bezpośrednią administracją bakufu i były wykorzystywane do kontrolowania handlu, przemysłu i handlu.
Bakufu zrewidowało także Prawa dla Domów Wojskowych i ustanowiło system zwany sankin kōtai (alternatywna obecność), w którym daimyo byli zobowiązani do składania ceremonialnych wizyt w Edo co dwa lata, podczas gdy ich żony i dzieci rezydowały w Edo jako zakładnicy. System ten zmuszał również daimyo – zwłaszcza potencjalnie niebezpiecznych tozamów, którzy mieszkali najdalej – do wydawania dużych sum pieniędzy na utrzymanie dwóch oddzielnych struktur administracyjnych oraz na podróże do i z Edo. Ponadto daimyo byli zmuszeni do pomocy w pracach publicznych, takich jak budowa zamków w domenach bakufu, przez co popadali w kłopoty finansowe. Domeny bakufu Tokugawa liczyły obecnie ponad siedem milionów koku, czyli około jednej czwartej całego kraju. Z tych ziem, ponad cztery miliony koku znajdowały się pod bezpośrednią kontrolą bakufu, a trzy miliony koku zostały rozdzielone między hatamoto i gokeninów, wasali liege bakufu. Ponadto, ponieważ bakufu deklarowało monopol na handel zagraniczny i jako jedyne miało prawo emitowania waluty, posiadało znacznie większe zasoby finansowe niż daimyo. Również pod względem siły militarnej było o wiele potężniejsze niż którykolwiek z daimyo.
Wraz ze strukturalną organizacją bakufu jako najwyższej władzy, administracja domen (hansei) daimyo również stopniowo nabierała kształtów. Relacje między szogunem a daimyo były relacjami pana i wasala, opartymi na feudalnym systemie chigyō. W teorii ziemia należała do szoguna, który dzielił ją między panów w ramach specjalnej przysługi, czyli go-on. Aby uzyskać rangę daimyo, wojownik musiał kontrolować ziemie przynoszące co najmniej 10 000 koku. W zamian za to daimyo byli zobowiązani do świadczenia usług wojskowych i innych na rzecz szoguna. Dokładnie taki sam związek istniał między władcami domen a ich poddanymi; aby daimyo mogli skoncentrować i wzmocnić swoje rządy, konieczne było zacieśnienie tego związku. Chcąc ograniczyć tradycyjne prawo wasali do chigyō, czyli subdomen, daimyo nagradzali ich w zamian stypendiami ryżowymi (kuramai), zwiększając w ten sposób ich zależność od daimyo. Jednocześnie polityka ta zwiększała liczbę ziem znajdujących się pod bezpośrednią kontrolą daimyo, wzmacniając bazę ekonomiczną domeny. W ten sposób daimyo stosowali wobec swoich wasali te same metody, które bakufu wykorzystywało do ich kontrolowania. W ten sposób hierarchiczny, „feudalny” reżim został ustanowiony za pomocą systemu kokudaka, który rozciągał się od szoguna przez daimyo do ich lenników.
Kontrola nad ludnością rolniczą została teraz jeszcze bardziej wzmocniona. Badania gruntów w Taikō uznały prawa chłopów jako faktycznych uprawiających ziemię i uczyniły ich odpowiedzialnymi za podatki. Podobne w intencjach, badania gruntów bakufu i daimyo były o wiele bardziej szczegółowe i precyzyjne, a ich celem było uzyskanie jak największego zysku z podatków. Wioski Tokugawa różniły się zatem od tych z poprzednich wieków, które były kontrolowane przez lokalnych właścicieli ziemskich, czyli myōshu. Wioski Tokugawa składały się z głównego trzonu drobnych rolników, zwanych hyakushō. Ponieważ wsie były teraz jednostkami administracyjnymi nowego reżimu, ustanowiono trójstopniowy system urzędników wiejskich – nanushi (lub shōya), kumigashira i hyakushōdai, którzy mieli wypełniać jego funkcje. Mieszkańcy miast i wsi w całym kraju byli zobowiązani do tworzenia gonin-gumi („grup pięciu gospodarstw domowych”), czyli stowarzyszeń sąsiedzkich, które miały na celu wspieranie wspólnej odpowiedzialności za płacenie podatków, zapobieganie wykroczeniom przeciwko prawu panów, udzielanie sobie wzajemnej pomocy i sprawowanie ogólnego nadzoru nad sobą. Jeszcze bardziej wzmocniono kontrolę ekonomiczną nad chłopami. Surowo zabroniono im kupowania, sprzedawania, porzucania ziemi oraz zmiany zawodu; wprowadzono także ograniczenia dotyczące stroju, jedzenia i mieszkania. Keian no Ofuregaki („Proklamacje ery Keian”), ogłoszona przez bakufu w 1649 roku, była kompendium polityki bakufu, mającym na celu kontrolę administracji wiejskiej.