Brothers zaproponował, że amygdala jest ważnym składnikiem sieci neuronalnej, która leży u podstaw poznania społecznego. A Bauman i Kemper zaobserwował oznaki neuropatologii w amygdali pośmiertnej autystycznego mózgu. Te odkrycia, w uzupełnieniu do ostatnich danych neuroobrazowania funkcjonalnego, doprowadziły Baron-Cohen i współpracowników do zaproponowania, że dysfunkcja amygdala może być odpowiedzialna, w części, za upośledzenie funkcjonowania społecznego, które jest cechą charakterystyczną autyzmu. Ostatnie dane z badań w naszym laboratorium na temat skutków uszkodzenia migdałka u małpy makaka są sprzeczne z podstawową rolą migdałka w zachowaniu społecznym. Jeśli amygdala nie jest niezbędna do normalnego zachowania społecznego, co wydaje się mieć miejsce zarówno u zwierząt naczelnych, jak i u wybranych pacjentów z obustronnym uszkodzeniem amygdali, to jest mało prawdopodobne, aby była ona substratem nienormalnego zachowania społecznego w autyzmie. Jednak uszkodzenie ciała migdałowatego ma wpływ na reakcję małpy na bodźce normalnie wywołujące strach, takie jak węże, i usuwa naturalną niechęć do angażowania nowych kongenerów w interakcje społeczne. Odkrycia te prowadzą do wniosku, że ważną rolą ciała migdałowatego jest wykrywanie zagrożeń i mobilizowanie odpowiedniej reakcji behawioralnej, której częścią jest strach. Jeśli amygdala jest patologiczna u osób z autyzmem, może to przyczyniać się do ich nieprawidłowych lęków i zwiększonego niepokoju, a nie do ich nieprawidłowych zachowań społecznych.