Ostatnie raporty wskazują, że liczby populacji krokodyla kubańskiego wykazują oznaki odbudowy; populacja na bagnach Zapata szacowana jest na 3000-6000 osobników.
Istnieją dwa główne zagrożenia: polowania i hybrydyzacja, zwłaszcza z krokodylem amerykańskim, która ogranicza czystą pulę genów tego gatunku. Polowania znacznie wzrosły od lat 90. do chwili obecnej i służą głównie przemysłowi turystycznemu lub lokalnej konsumpcji. Hybrydyzacja była od dawna podejrzewana, ale słabo poznana. Ostatnie badania genetyczne dostarczają dowodów na to, że w środowisku naturalnym dochodzi do intensywnej hybrydyzacji. Populacja żyjąca w niewoli jest obecna na dwóch obszarach (w Zapata Swamp i w Lanier Swamp), ale podejrzewa się, że również w tych populacjach występują zwierzęta hybrydowe. Żadne z tych zagrożeń nie zostało rozwiązane.
Gatunek ten jest wymieniony w załączniku I do konwencji CITES. Istnieją również bezpośrednie środki ochrony, w tym programy hodowli w niewoli, reintrodukcje i obszary chronione. Nielegalne polowania nadal mają miejsce; dlatego też wymagane jest dalsze zarządzanie odłowem w celu zmniejszenia tempa spadku populacji, który obecnie ma miejsce.
Podejmowane są aktywne działania w celu zapewnienia, że obie istniejące populacje pozostają dobrze chronione, ale kolejnym ważnym priorytetem w zakresie ochrony jest ustanowienie alternatywnej dzikiej populacji.
.