Trimetoprim-sulfamethoxazole (TMP-SMX), lub Bactrim*, Septra*, lub Cotrim*, jest leczeniem z wyboru. Typowy schemat leczenia u dorosłych osób o prawidłowej odporności to TMP 160 mg plus SMX 800 mg (jedna tabletka o podwójnej mocy), doustnie, dwa razy dziennie, przez 7-10 dni. Pacjenci zakażeni HIV mogą wymagać dłuższej terapii.
Nie zidentyfikowano jeszcze wysoce skutecznych alternatyw dla osób uczulonych na TMP-SMX (lub nietolerujących go). W przypadku takich osób należy rozważyć obserwację i leczenie objawowe, zastosowanie antybiotyku, którego skuteczność wobec Cyclospora jest oparta na ograniczonych danych, lub odczulanie na TMP-SMX. To ostatnie podejście powinno być rozważane tylko u wybranych pacjentów, którzy wymagają leczenia, zostali ocenieni przez alergologa i nie mają zagrażającej życiu alergii.
Potwierdzone lub niepublikowane dane sugerują, że następujące leki są nieskuteczne: albendazol, trimetoprim (gdy jest stosowany jako pojedynczy środek), azytromycyna, kwas nalidyksowy, tinidazol, metronidazol, chinakryna, tetracyklina, doksycyklina i furoinian diloksanidu. Chociaż dane z niewielkiego badania przeprowadzonego wśród pacjentów zakażonych wirusem HIV na Haiti sugerują, że cyprofloksacyna może wykazywać umiarkowaną aktywność wobec Cyclospora, znaczące niepotwierdzone doświadczenie wśród wielu osób o prawidłowej odporności sugeruje, że cyprofloksacyna jest nieskuteczna.
* Użycie nazw handlowych ma na celu wyłącznie identyfikację i nie oznacza zatwierdzenia przez Public Health Service lub przez U.S. Department of Health and Human Services.