A franquia Marines começou em 1950 como o Mainichi Orions, um membro inaugural da Liga do Pacífico. Os Marines ganharam a primeira série Japan Series em 1950.
Em 1958, o time foi fundido com os Daiei Unions e renomeado Daimai Orions. Em 1964 eles se tornaram os Tokyo Orions, e os Lotte Orions em 1969. A franquia foi lenta em replicar seu sucesso inicial: os Orions fizeram a série Japão em 1960 e 1970, só para perder ambos os anos.
A equipe jogou no centro de Tóquio até 1972. De 1973 a 1977 a Lotte Orions jogou na cidade japonesa de Sendai, no norte do Japão. Em 1974, eles venceram os Chunichi Dragons, tornando-se a primeira equipe da Liga do Pacífico a vencer a série em dez anos, já que os Yomiuri Giants haviam conquistado os nove títulos anteriores atrás do ataque Oh-Nagashima.
Em 1978 a equipe voltou à área de Tóquio, estabelecendo-se no Estádio Kawasaki Kawasaki, em uma época em casa das baleias Taiyo (hoje Yokohama DeNA Baystars).
Em 1992, a equipa mudou-se para o Chiba City’s Chiba Marine Stadium, na costa leste da baía de Tóquio e foi renomeada para Chiba Lotte Marines.
A equipa não conseguiu chegar novamente à série japonesa até 2005. Os Marines começaram a temporada 2005 em primeiro lugar atrás do treinador americano Bobby Valentine, mas ficaram atrás do Fukuoka SoftBank Hawks à medida que o ano avançava. Sob o formato de playoff da época, a rodada preliminar de cinco jogos, antes da Japan Series, viu as equipes com os melhores recordes do primeiro e segundo tempo se enfrentarem. Os Fuzileiros Navais derrotaram os Hawks por três a dois jogos no campeonato da Liga do Pacífico, vencendo o jogo de borracha apesar de terem entrado no oitavo tempo, 2-1,
Os Fuzileiros Navais assim se classificaram para a Série do Japão, a primeira vez que chegaram ao torneio desde 1974, uma seca de 31 anos. Em uma série unilateral, os Fuzileiros Navais varreram os Hanshin Tigers em quatro jogos, marcando dez runs em cada um dos três primeiros jogos. A aparente facilidade com que os Fuzileiros Navais derrotaram os Tigers deu mais força ao debate em curso sobre a necessidade de um sistema de playoff na Liga Central, que finalmente foi acrescentado em 2007 (ver Série Clímax). Os Fuzileiros Navais derrotaram o Samsung Lions da Coreia do Sul na fase final do Campeonato da Copa Konami.
Em 2010, os Fuzileiros Navais conquistaram o terceiro lugar no último dia da temporada para ganharem uma vaga na Série Clímax. Eles se tornaram a primeira equipe a conquistar o terceiro lugar da Série Clímax, e enfrentaram os Chunichi Dragons na Série Japão 2010. Os Marines derrotaram os Dragões em sete jogos, compostos de quatro vitórias, duas derrotas e um empate, ganhando a sua segunda Japan Series em menos de dez anos.