Após aposentar-se da condução competitiva aos 25 anos, Horner assinou com Viktor Maslov e Marc Goossens para a temporada de 1999 da FIA F3000. Antes do início desse ano, a organização Prodrive de Dave Richards comprou uma participação de 50% na Arden em nome da companhia petrolífera russa Lukoil, cujo patrão era o pai de Maslov. Horner comprou de volta a participação da Prodrive na Arden após uma temporada. Darren Manning foi contratado para substituir Goossens para a temporada 2000-2001, marcando um pólo e dois pódio.
Arden também competiu na F3000 italiana em 2000, ganhando três corridas e terminando em segundo no Campeonato com Warren Hughes.
Após a separação da empresa com Lukoil, foi recrutado um novo alinhamento de pilotos para 2002, com Tomáš Enge e Björn Wirdheim que foram trazidos para substituir Manning e Maslov. A equipe conquistou cinco vitórias (quatro para Enge, uma para Wirdheim), e Enge conquistou o título naquele ano, mas foi rebaixado para o terceiro lugar após um teste de drogas fracassado, entregando o título a Sébastien Bourdais. Arden ganhou o Team Championship.
Wirdheim ficou em 2003, com Enge sendo substituído por Townsend Bell. Björn Wirdheim conquistou o título por uma margem de 35 pontos para o segundo colocado Ricardo Sperafico. Arden manteve o Campeonato de Equipe.
A última temporada da F3000, 2004, foi dominada pelo piloto líder da Arden Vitantonio Liuzzi; o apoio de Robert Doornbos ajudou a garantir os títulos do Campeonato de Pilotos e Construtores por uma grande margem. A equipe ganhou oito das dez rodadas do campeonato naquele ano, com Liuzzi levando sete e Doornbos ganhando uma. Liuzzi foi trazido à equipa pelo seu treinador, Helmut Marko, com o patrocínio da Red Bull. Nesta altura Horner baseou a sua equipa Arden International nas instalações da Prodrive em Banbury, antes de os transferir para as antigas 22 instalações da Motorsport perto de.
Neste momento Horner estava à procura de uma oportunidade para se mudar para a Fórmula 1. Depois de discussões com Eddie Jordan sobre a compra do Grande Prêmio Jordan, devido a desacordos sobre os custos, em novembro de 2004 a empresa austríaca de bebidas energéticas Red Bull comprou a Jaguar F1 Team, que se tornou a Red Bull Racing. Em janeiro de 2005, Horner foi nomeado para chefiar a equipe, tornando-se o diretor da equipe mais jovem da época. Apesar de ter sido nomeado apenas oito semanas antes da abertura da temporada do Grande Prêmio da Austrália, a equipe teve um bom começo sob sua gestão, com os pilotos David Coulthard e Christian Klien terminando em quarto e sétimo lugar na Austrália, e eles passaram a marcar um total de 34 pontos para a equipe em comparação com os nove conquistados pela Jaguar no ano anterior. Ele também desempenhou um papel fundamental no recrutamento de Adrian Newey, que foi anunciado como diretor técnico da equipe em novembro de 2005.
2006 foi um ano de transição: quando Newey começou a trabalhar na Red Bull, em fevereiro de 2006, o carro desse ano (o RB2) já havia sido projetado, e a equipe trocou os motores da Cosworth pelos da Ferrari, que superaqueceram e não eram confiáveis. No entanto, a equipa chegou ao seu primeiro pódio no Grande Prémio de Mónaco, onde o Horner saltou para uma piscina apenas com uma capa do Super-Homem para celebrar.
2007 trouxe o RB3, o primeiro carro Newey da equipa, e a chegada dos motores Mark Webber e Renault, no entanto a equipa continuou a sofrer de problemas de fiabilidade, com o carro a suportar 14 reformas e a marcar um único pódio, enquanto a equipa desceu para sétimo no Campeonato de Construtores no ano seguinte.
A equipa terminou um forte segundo lugar no Campeonato de Construtores de 2009 com os pilotos Sebastian Vettel e Mark Webber a terminarem em segundo e quarto lugar, respectivamente, na corrida pelo título de pilotos, e a levarem seis vitórias entre eles. Em 2010, a equipe venceu seu primeiro Campeonato de Construtores com uma corrida a mais, e Sebastian Vettel venceu o Campeonato de Pilotos na última corrida da temporada, tornando-se o mais jovem Campeão do Mundo. Aos 36 anos, Horner foi o diretor da equipe mais jovem a ganhar um Campeonato de Construtores de Fórmula 1. Em 2011, a equipe venceu seu segundo Campeonato de Construtores com três corridas de reposição, com Sebastian Vettel se tornando o mais jovem bicampeão do mundo. Em 2012, a equipe venceu seu terceiro Campeonato de Construtores com uma corrida a menos. Sebastian Vettel tornou-se o mais jovem tricampeão do mundo. Em 2013 a Red Bull Racing ganhou seu quarto Campeonato de Construtores de F1 consecutivo, enquanto Sebastian Vettel ganhou seu quarto Campeonato de Pilotos.