Cladogénese é uma divisão evolutiva de uma espécie mãe em duas espécies distintas, formando um clade.
Este evento geralmente ocorre quando alguns organismos acabam em novas áreas, muitas vezes distantes ou quando mudanças ambientais causam várias extinções, abrindo nichos ecológicos para os sobreviventes e causando estrangulamentos populacionais e efeitos fundadores mudando as frequências dos alelos de populações divergentes em comparação com a sua população ancestral. Os eventos que causam a separação original entre estas espécies em áreas distantes podem ainda permitir que ambas as espécies tenham chances iguais de sobreviver, reproduzir-se e até evoluir para melhor se adaptarem aos seus ambientes, sendo ainda duas espécies distintas devido à seleção natural subsequente, mutações e deriva genética.
Cladogênese está em contraste com a anagenese, na qual uma espécie ancestral acumula gradualmente mudanças, e eventualmente, quando o suficiente é acumulado, a espécie é suficientemente distinta e diferente de sua forma inicial para que possa ser rotulada como uma nova forma – uma nova espécie. Note que com anagenese a linhagem de uma árvore filogenética não se divide.
Para determinar se um evento de especiação é cladogênese ou anagenese, os pesquisadores podem usar simulação, evidência de fósseis, evidência molecular do DNA de diferentes espécies vivas, ou modelagem. No entanto, tem sido debatido se a distinção entre cladogênese e anagenese é de todo necessária na teoria evolucionária.