Blakeman frequentou a Universidade do Nebraska de 1984 a 1987, servindo principalmente como quarterback de reserva para os Nebraska Cornhuskers, incluindo as temporadas de 1986 e 1987, atrás do titular Steve Taylor.
No jogo do Nebraska contra o Colorado Buffaloes, em 25 de outubro de 1986, o técnico Tom Osborne substituiu Taylor por Blakeman no quarto trimestre. O Colorado ainda limitou Blakeman a 4 das 6 finalizações por 37 jardas, e segurou para chatear os Huskers, 20-10, sua primeira vitória sobre o Nebraska desde 1967 e a primeira vitória dos Buffaloes sobre o Nebraska em casa desde 1960.
Blakeman jogou no Sugar Bowl de 1987, uma vitória de 30-15 sobre a LSU, campeã da Conferência do Sudeste.
No dia 3 de outubro de 1987, a Carolina do Sul estava à frente do Nebraska, 21-13, quando Taylor deixou o jogo depois de machucar o ombro na última jogada do 3º quarto. Em alívio, Blakeman completou seu único passe para 8 jardas. Mas ajudado por um forte jogo de corrida, e a defesa de Blackshirts do Nebraska que forçou dois turnovers e permitiu apenas 9 jardas no 4º trimestre, os Huskers se recuperaram em torno de Blakeman para marcar 17 pontos sem resposta para vencer, 30-21,
Blakeman também começou dois jogos no lugar de um Taylor machucado, ambos foram vitórias sobre o Kansas Jayhawks. Em 15 de novembro de 1986, ele deu três passes para touchdown e correu para outro enquanto levava Nebraska a uma goleada de 70-0, a pior derrota da história de Jayhawk e o maior fechamento do Nebraska até aquele momento. E em 10 de outubro de 1987, Blakeman completou 10 de 12 passes para 100 jardas e um touchdown na vitória de 54-2 do Nebraska sobre o Kansas.