Compostos de clatrato de forma tradicional referem-se a hospedeiros poliméricos contendo convidados moleculares. Mais recentemente, o termo refere-se a muitos hospedeiros moleculares, incluindo calixarenos e ciclodextrinas e até mesmo alguns polímeros inorgânicos, como os zeólitos. O mineral de sílica clatrada natural, chibaite, foi descrito do Japão em 2008.
Muitos clatratos são derivados de estruturas orgânicas aglutinadas por hidrogênio. Estas estruturas são preparadas a partir de moléculas que se “auto-associam” por múltiplas interacções de ligação de hidrogénio. Os clatratos mais famosos são clatratos de metano, onde a estrutura ligada a hidrogênio é contribuída pela água e as moléculas convidadas são o metano. Grandes quantidades de metano naturalmente congelado nesta forma existem tanto em formações de permafrost como sob o fundo do mar. Outras redes ligadas ao hidrogênio são derivadas da hidroquinona, uréia e tiouréia. Uma molécula hospedeira muito estudada é o composto de Dianin.
Os compostos Hofmann são polímeros de coordenação com a fórmula Ni(CN)4-Ni(NH3)2. Estes materiais cristalizam com pequenos convidados aromáticos (benzeno, certos xilenos), e esta selectividade tem sido explorada comercialmente para a separação destes hidrocarbonetos. Estruturas metálicas orgânicas (MOFs) formam clatratos.
Compostos de gaiola fotologicamente sensíveis foram examinados como recipientes para liberação de uma droga ou reagente.