Como resultado desta vitória, Esparta derrotou os atenienses e assim tentou esculpir o seu próprio império no Egeu. Sua relação com a Pérsia deteriorou-se, e ela começou a invadir os satrapies de Pharnabazus e Tissaphernes na Anatólia. Por 397 AC, Pharnabazus tinha persuadido o rei persa Artaxerxes a prosseguir a guerra por mar, e levantou uma frota de 300 navios fenícios e cipriotas. Em grande número eles seriam esmagadores, mas precisavam de um comandante experiente, e assim encontraram Conon em Chipre, que estava muito feliz por uma chance de se vingar dos Peloponesos.
Primeiro Conon se mudou para Caria com uma pequena porção da frota, onde ficou por um tempo bloqueado, mas depois resgatado por Pharnabazus e Tissaphernes. Ele então prosseguiu para Rodes, onde a oligarquia pró-Spartana foi substituída por uma democracia, e conseguiu capturar os suprimentos de alimentos que estavam sendo enviados do Egito. Em resposta a isso, os espartanos decidiram enviar a sua marinha, mas cometeram o erro de confiá-la a Peisandro, que não tinha experiência. A batalha aconteceu no Cnidus em 394 a.C., e foi um sucesso fácil e esmagador para os persas. As cidades do Egeu expulsaram as guarnições espartanas e aceitaram o domínio persa.
Após este sucesso, Conon sentiu que era seguro para ele retornar a Atenas. Pharnabazus permitiu-lhe reter parte da frota, e forneceu dinheiro para a fortificação do Pireu e a reconstrução das longas muralhas que o uniam a Atenas. Estas acções significaram que alguns dos principais resultados da Guerra do Peloponeso foram desfeitos – Atenas recuperou a sua posição como grande potência na Grécia, e embora ainda tivesse perdido o seu império, Esparta tinha sido impedida de o tomar.
No ano seguinte os espartanos tinham aberto negociações com os Persas, e a fim de assegurar a sua posição na Grécia ofereceu-se para lhes entregar todas as cidades da Anatólia. Os atenienses enviaram delegados (incluindo Conon) para anunciar isso como inaceitável, o que Tiribazus entendeu significar que eles ainda esperavam recuperar seu império e, indignados com isso, jogou-os na prisão, Conon entre eles. Escritores antigos dão relatos contraditórios do seu fim: alguns afirmam que ele foi enviado para o interior da Ásia e morto; outros, provavelmente mais prováveis, registam que ele se retirou para Chipre e morreu lá. Seu filho Timóteo mais tarde tornou-se outro general proeminente.