Johnstone’s first work was with Noel Murphy in 1968, onde ele recebeu seu primeiro crédito no álbum Another Round. Por volta de 1969, Johnstone tinha assegurado trabalho regular como músico de sessão, onde começou a ramificar-se e a explorar diferentes géneros de música, e a experimentar uma variedade de instrumentos. Em 1970, quando Lyell Tranter (um dos dois guitarristas do grupo acústico folclórico britânico Magna Carta) deixou a banda, Johnstone tomou seu lugar como membro. Ele gravou vários álbuns com eles a partir de 1970 em Seasons (1970), e continuou a contribuir para Songs from Wasties Orchard (1971) (nomeado após a rua onde morava em Long Hanborough, Oxfordshire), e um álbum ao vivo intitulado In Concert.
Durante sua passagem pela Magna Carta, Johnstone tocou uma grande variedade de instrumentos, incluindo violão, bandolim, cítara, e dulcimer. Ele também chamou a atenção do produtor Gus Dudgeon durante este tempo – Dudgeon pediu a Johnstone para tocar no álbum solo de Bernie Taupin de 1971, que resultou em um encontro com Elton John e, finalmente, Johnstone toca no álbum de John de 1971 Madman Across the Water, depois do qual ele foi convidado a se juntar à banda de Elton John como membro pleno. Anteriormente, a Elton John Band era composta pelo próprio John, o baixista Dee Murray e o baterista Nigel Olsson.
Johnstone’s debut album with Elton John como membro integral de sua banda foi Honky Chateau, no qual ele tocava guitarras elétricas e acústicas, slide guitarra, banjo e bandolim, e também cantava backing vocals ao lado de Murray e Olsson.
Em 1972 ele trabalhou com Joan Armatrading e Pam Nestor em seu álbum de estréia do Gus Dudgeon, Whatever’s for Us, tocando guitarra acústica e elétrica em várias faixas, e cítara na música “Visionary Mountains”.
Johnstone lançou um álbum solo, Smiling Face, em 1973 através da The Rocket Record Company e criou uma banda de curta duração chamada China que lançou um álbum epônimo em 1977.
Even enquanto tocava ao lado de outros artistas como Stevie Nicks, Meat Loaf e Alice Cooper durante o final dos anos 70 e início dos anos 80, Johnstone nunca esteve muito longe dos projectos do Elton e, após o seu reencontro com os companheiros de banda originais Nigel Olsson e Dee Murray a tempo inteiro para a digressão “Jump Up” de 1982, raramente esteve ausente de uma faixa ou digressão do álbum Elton John.
Em 1990, Johnstone colaborou pela primeira vez com o letrista Steve Trudell. Com música e letra no lugar, os dois formaram Warpipes, que incluíam os membros da banda Elton John, Nigel Olsson na bateria, Bob Birch no baixo, Guy Babylon nos teclados, juntamente com Billy Trudel como vocalista. Em 1991, a Warpipes lançou seu único álbum, Holes in the Heavens, na gravadora Artful Balance Records. Quando a Artful Balance Records dobrou, este álbum foi relançado na Bridge Recordings. O título do álbum foi alterado para simplesmente “Warpipes” e a linha de músicas foi ligeiramente alterada.
Em 1991, Johnstone produziu o Stormy Blue da Addison Steel, no qual ele tocou guitarra, bandolim, cítara e banjo, e tocou vocais. O co-produtor Guy Babylon juntou-se com arranjos de teclado, ao lado do baterista Nigel Olsson e Billy Trudell adicionando percussão e vocais respectivamente.
Em 1996, Johnstone lançou um vídeo de guitarra instrucional intitulado Davey Johnstone: Star Licks Master Sessions for Star Licks Productions, no qual ele toca uma grande variedade de clássicos de John, acompanhado por Billy Trudel nos vocais e Bob Birch no baixo.
Em 1997, enquanto em digressão com John, Johnstone e depois o colega de banda Elton John e antigo guitarrista da Hellecasters John Jorgenson passaram grande parte do seu tempo livre a criar o Crop Circles, um álbum de instrumentação acústica lançado em 1998.
Em 10 de Junho de 2009, Johnstone tocou num espectáculo marcante de 2000 como membro da Elton John Band no SECC em Glasgow, Escócia. Ele está atualmente servindo como diretor musical de John, além de seu trabalho na guitarra, tocando junto com Nigel Olsson e John Mahon; ele também se apresentou com Bob Birch antes da morte de Birch em agosto de 2012.
Em 2014, ele tocou em “Belle Fleur” e “If You Were My Love” do álbum 24 Karat Gold de Stevie Nicks: Canções da Caixa-forte. Ele conhecia Nicks de quando tocou guitarra em várias músicas do seu álbum de 1981 Bella Donna.
Em 1º de outubro de 2019, Johnstone fez seu 3000º show com Elton John na primeira de duas paradas da Farewell Yellow Brick Road no SaskTel Centre em Saskatoon, Saskatchewan.