Em 1831, o Pe. Patrick O’Kelly chegou para ministrar aos colonos irlandeses na área de Washtenaw. A primeira missa em Ann Arbor foi celebrada numa casa particular a 12 de Julho de 1835, e nesse ano começaram os esforços para erigir uma igreja permanente. Seu sucessor, Pe. Thomas Cullen, comprou um terreno na East Kingsley Street, perto da Division Street, em 1842, e a primeira igreja foi construída neste terreno – a primeira igreja de tijolos em Ann Arbor. Não foi dedicada até 1845, pois o Bispo Lefevre não dedicava igrejas até que estivessem livres de dívidas.
O cemitério da igreja, na North Main Street, foi adquirido em 1843, mas não foi consagrado até 1878. Em 1868, a paróquia adquiriu uma antiga escola pública ao fundo da rua e abriu a sua escola paroquial, a Escola São Tomás Apóstolo, que celebrou o seu sesquicentenário em 2018.
Sr. Edward D. Kelly tornou-se pároco em 1891, e achou a igreja existente inadequada para as necessidades da paróquia. Ele começou a levantar fundos em 1896 para a igreja atual, que foi dedicada em 1899 e completada em 1905. A reitoria de tijolos amarelos foi concluída em 1902, e um convento para as Irmãs do Imaculado Coração de Maria na Rua Isabel, em 1911. Ao longo dos anos, a paróquia patrocinou o primeiro hospital em Ann Arbor, assim como duas outras paróquias católicas.
Em 1977, os graus 9 a 12 foram separados da Escola S. Tomás o Apóstolo e se tornou a Escola Secundária Católica Padre Gabriel Richard, uma instituição independente. que se mudou para um novo campus em 2003.