Comecemos com uma introdução à biologia relevante, explicando o que medimos e porquê. Depois concentramo-nos nas duas principais tecnologias de medição: sequenciação da próxima geração e microarrays. Depois passamos a descrever como os dados brutos e a informação experimental são importados para R e como usamos as classes de Biocondutores para organizar esses dados, sejam gerados localmente ou colhidos de repositórios públicos ou arquivos institucionais. As características genômicas são geralmente identificadas usando intervalos em coordenadas genômicas, e algoritmos altamente eficientes para computação com intervalos genômicos serão examinados em detalhes. Métodos estatísticos para testar hipóteses gene-cêntricas ou centradas em caminhos com dados em escala genômica são encontrados em pacotes como limma, algumas dessas técnicas serão ilustradas em palestras e laboratórios.
Dada a diversidade no background educacional de nossos alunos, dividimos a série em sete partes. Você pode fazer a série inteira ou cursos individuais que lhe interessam. Se você é um estatístico você deve considerar pular os dois ou três primeiros cursos, da mesma forma, se você é biólogo você deve considerar pular algumas das palestras introdutórias de biologia. Note que os aspectos de estatística e programação da aula aumentam em dificuldade relativamente rapidamente nos três primeiros cursos. No terceiro curso serão ensinados conceitos estatísticos avançados, tais como modelos hierárquicos e no quarto curso conhecimentos avançados de engenharia de software, tais como computação paralela e conceitos de pesquisa reprodutíveis.
Estes cursos compõem dois Certificados Profissionais e são auto-paced:
Análise de Dados para Ciências da Vida:
- PH525.1x: Estatísticas e R para as Ciências da Vida:
- PH525.2x: Introdução aos Modelos Lineares e Álgebra Matricial
- PH525.3x: Inferência estatística e modelagem para experimentos de alto rendimento
- PH525.4x: Análise de Dados em Altas Dimensões
Análise de Dados Genómicos:
- PH525.5x: Introdução ao Biocondutor
- PH525.6x: Estudos de Caso em Genômica Funcional
- PH525.7x: Advanced Bioconductor
Esta aula foi suportada em parte pelo NIH grant R25GM114818.
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