A renovação de dois anos do Babylon começou em 1999. Custou dez milhões de marcos e foi financiado principalmente pelo governo da Alemanha. Fundos de desenvolvimento da lotaria no valor de dois milhões de Euros foram dados para os assentos e equipamento técnico. O telhado e o teto do grande auditório foram reformados. As vigas de madeira no teto, que não suportavam mais o peso, foram substituídas por vigas de aço e um novo telhado foi erguido sobre elas. A frente do edifício também foi restaurada.
O objectivo da restauração não era devolver ao edifício a sua aparência num determinado momento, mas sim manter vários elementos de toda a história do edifício. O foyer voltou a ser como era quando o edifício abriu em 1928 e o auditório foi renovado ao seu estilo de 1948, com assentos de pelúcia e estuque e detalhes dourados. O edifício foi originalmente utilizado como cinema e teatro e por isso tinha uma área nos bastidores atrás da tela. Foi aqui que foi construído um novo auditório menor como parte da restauração. O fosso de orquestra do grande auditório foi restaurado, para que uma orquestra de câmara pudesse tocar música ao vivo durante as exibições de filmes mudos. Em 1999, o órgão de cinema de J. D. Philipps, de 70 anos de idade, foi restaurado. É o único órgão de cinema na Alemanha que ainda é tocado na sua localização original.
Em maio de 2001 a reabertura do auditório foi feita com o filme Othello de Orson Welles. Em 2002 a associação “Berlin film art Babylon” foi premiada com o “Hemisfério de Prata” pela Fundação Alemã para a Proteção de Monumentos. Os arquitetos Joachim Roemer e Klaus Meyer-Rogge foram homenageados por salvar um “edifício chave da arquitetura cinematográfica”.
A Babilônia é um local para o Festival Internacional de Cinema de Berlim (Berlinale). O órgão de cinema restaurado foi relançado em 26 de Maio de 2001 numa exibição de The Golem: How He Came into the World. Seguiu-se uma série de concertos de cinema mudo com o pianista Stephan von Bothmer.
Em 2009 alguns empregados, membros do Sindicato dos Trabalhadores Livres Anarco-sindicalistas (FAU), procuraram salários mais altos e melhores condições de trabalho. No final de julho de 2009, a seção de Berlim da FAU pediu um boicote ao cinema. O sindicato Ver.di assinou um acordo coletivo com os empregados a partir de 1 de janeiro de 2010. Em 2009, a operadora do cinema iniciou uma disputa legal com a FAU, em relação ao seu direito de se designar como um sindicato. Em outubro de 2009, o tribunal de trabalho de Berlim-Brandenburgo decidiu que a FAU tinha o direito de negociar acordos salariais. Uma injunção temporária, imposta pelo Tribunal Superior de Berlim em Dezembro de 2009, proibiu a FAU Berlim de se autodenominar um sindicato até nova ordem. Isto foi anulado pelo Supremo Tribunal em Junho de 2010.